Колокольня, возведённая в 1678-1681 годах, является центральным элементом архитектурного ансамбля монастыря. Её узнаваемый облик формирует высокий шатёр. Первые четыре яруса имеют квадратную форму размером 9,5 на 9,5 метра и соединяются лестницами, встроенными в стены. На массивном основании возвышается более лёгкий трёхъярусный восьмерик, который завершается полуциркульными проёмами яруса звона. Стены колокольни украшены угловыми лопатками и глубокими оконными проёмами, составляющими основное декоративное оформление. Ярус звона выделяется более сложными арками, украшен изразцовым фризом и керамическими вставками. Скромное внешнее убранство колокольни Флорищева монастыря соответствует общей художественной концепции и отражает архитектурный стиль главных монастырских зданий. Колокольня высотой 49,5 метра относится к числу крупнейших столпообразных сооружений XVII века. Для сравнения, высота колокольни в Ярославле составляет около 40 метров, в Ростовском кремле, 38 метров, а ярусные колокольни московских монастырей достигали 70 метров. Между 1682 и 1707 годами к южной стороне колокольни пристроили двухэтажный Настоятельский корпус. Ранее в нижних ярусах колокольни находилась монастырская библиотека, известная своим собранием уникальных рукописей. В 1766 году на шестом ярусе установили башенные часы с боем. Хотя они были утрачены, в настоящее время их восстановили, и они снова исправно отсчитывают время.