В начале ХХ века вторым по древности сооружением ансамбля считалась отдельно стоящая колокольня. Точные данные о времени её постройки не сохранились, но в описи 1681 года она упоминается как уже существующая, с обгорелой главой и кровлей. На колокольне было девять колоколов, а десятый, весом 200 пудов, находился на земле. Также на ней были установлены большие боевые железные часы. Позже колокольня была достроена: её верхнюю часть подняли и покрыли шатром. Архитектура нового яруса звона и шатровое покрытие относятся к XVII веку, в то время как нижняя часть колокольни, вероятно, была построена в конце XVI века, одновременно с церковью Антония и Феодосия. Первоначально колокольня имела круглую форму и состояла из трёх ярусов. В двух нижних располагались помещения для монахов, а верхний этаж занимали ярус звона и помещение для часов. Стены снаружи были расчленены десятью лопатками и контрфорсами, без окон в двух нижних этажах.

В конце XVII века над старой частью был возведён новый восьмерик, включивший в себя первоначальный круглый ярус звона. Новый звон был выполнен в архитектурных формах XVII века, с арочными проёмами на гранях восьмерика. Угловые столбы украшались колонками и двумя тягами. Верх столбов отмечался профилированным импостом, а арки обводились уступчатым архивольтом, переходящим в горизонтальные ступеньки, расширяющие верх восьмерика. Шатёр колокольни имел стройный силуэт, переходящий в восьмигранную призму с небольшой главкой, украшенной ажурным крестом и цепями. Шатёр был декорирован слухами и небольшими окнами с треугольными фронтончиками.

Надстроенная колокольня приобрела лёгкость и изящество, что оказалось особенно важным, когда новые сооружения стали значительно крупнее, и в прежних размерах колокольня могла бы затеряться среди других построек ансамбля.

Колокольня Свенского монастыря была выдающимся примером архитектуры XVI и XVII веков. Её композиция с выраженной вертикальностью и контрастом ажурного верха с массивным низом вносила разнообразие в архитектурный ансамбль. К сожалению, этот памятник был утрачен безвозвратно.