Каменная колокольня Спасо-Геннадиева монастыря, построенная в 1715 году, была трехъярусной. На первом этаже находились две кладовые палатки с теплым погребом под ними. На втором этаже располагалась церковь Корнилия Комельского, которую после 1804 года перенесли в теплую трапезную, пристроенную к соборной церкви с западной стороны. Освободившееся помещение использовали под архив. Третий ярус был открытым и предназначался для звона, здесь размещались семь колоколов и «боевые часы». Шатровое покрытие колокольни было деревянным, между слоями кровли из тесов прокладывалась береста. Над шатром возвышалась главка, сначала покрытая деревянным лемехом, а позже обшитая белой жестью, с позолоченным железным крестом наверху. К колокольне примыкала деревянная паперть с лестницей, ведущей в церковь и на ярус звона. Длина колокольни с папертью составляла 6 саженей, ширина, 4 сажени. Высота паперти с кровлей достигала 6 саженей, а вся колокольня с шатром, 18 саженей. В 1830 году было принято решение о перестройке колокольни, которая изменила ее облик. С 1831 по 1835 год деревянный шатер заменили кирпичными четвериками, которые уменьшались кверху. Фасады колокольни оформили в стиле классицизма, разделив их на четыре яруса. Первоначальные кирпичные стены сохранились, но их пропорции изменились. Нижний четверик увеличили в высоту и украсили классицистическими портиками, которые не сохранились до наших дней. Двенадцать колонн, по три на каждом углу четверика, были установлены на цоколе шириной 1,2 метра. Колонны имели диаметр 80 см, расстояние между ними составляло 1,1 метра, а от стен колокольни они отстояли на 25 см.

Над нижним четвериком находился восьмерик, сохранивший стены первоначальной постройки, но с измененным декоративным убранством. Из восьми арок звона оставили только четыре, остальные заложили кирпичом. Фасады украсили двенадцатью колоннами, по три с каждой стороны. Три верхних яруса колокольни сохранились без значительных изменений, утрачено лишь их завершение. Верхний четверик имел куполообразное металлическое покрытие, напоминающее колокол, с главкой в форме вазона и позолоченным крестом.

Сегодня колокольня расположена в юго-западной части Спасо-Геннадиева монастыря, в 35 метрах от соборного храма. Раздельная постановка колокольни и храма была распространена, как, например, в Спасо-Преображенском монастыре в Ярославле и в Ипатьевском и Авраамиево-Городецком монастырях. Две самые ранние каменные постройки монастыря возводились не одновременно: сначала, в середине XVII века, был построен каменный соборный храм, а колокольня оставалась деревянной более полувека. Лишь в петровское время, в 1715 году, она была выстроена из кирпича и стала вторым каменным зданием в монастыре.