В январе 1976 года краеведы из Каратуза решили начать собирать материалы. 30 декабря 1986 года исполком Каратузского района утвердил решение № 283 об открытии Каратузского историко-краеведческого музея на общественных началах и назначил совет музея.

В рамках краевого проекта «Культурная столица Красноярья» была разработана и внедрена новая концепция музея, представленная в январе 2020 и марте 2021 года, под названием «Каратузский район, граница империи». Теперь все выставки имеют единое оформление и охватывают такие темы, как герб и флаг района, село Каратузское, древняя история района, Кундускская писаница, старообрядцы в Каратузском районе, казачество, «золотая лихорадка» и ее последствия, район в годы Великой Отечественной войны, а также история самого музея.

В музее хранится 3 777 экспонатов основного фонда, из которых выставлено 682.