Секретно. Его превосходительству Вигелю. Граф Кирилл Разумовский, отправляясь из Москвы в свои деревни, на всех станциях устраивал беспорядки: избивал людей, ранил одного кинжалом, стрелял в другого и забирал лошадей без оплаты. Приказываю арестовать его и отправить в Шлиссельбургскую крепость. Министр внутренних дел, граф Кочубей. 21 августа 1806 года.

До императора дошли слухи, что Кирилл Алексеевич в Германии вступил в общество иллюминатов и хранит дома секретные документы. Поэтому он не спит по ночам, окружая себя заряженным пистолетом и другими оружиями. Для его ареста была сформирована команда из 10 человек. Когда они вошли в его усадьбу, граф встретил их с кинжалом на поясе. Он не сопротивлялся аресту, но потребовал встречи с отцом, в чем ему отказали.

Через несколько дней Разумовского доставили в Шлиссельбургскую крепость. В книге Михаила Гернета "История царской тюрьмы" упоминается о графе Разумовском, содержавшемся в секретном доме. В это место обычно заключали важных государственных, религиозных и уголовных преступников. В донесении говорится, как обустроили его в тюрьме: "В комнате у него чисто. В Страстную неделю он попросил постное кушанье и ел свежую осетрину, вареный чернослив, белый мед с булками. Вино выдаётся по предписанию". В камере у него были медвежья шуба, 4 халата, 7 штиблет и 3 фрака.

Граф провел в одиночной камере целый год, после чего его перевели в Петропавловскую крепость, а в мае 1808 года отправили в Спасо-Евфимиевский монастырь в Суздале. Хотя в монастыре содержали только душевнобольных, аристократа поместили туда за "непристойное поведение, пьянство и вольные мысли о религии и нравственности". В итоге Разумовского признали "полуидиотом" и отправили под надзор владимирского губернатора.