Этот храм является одной из главных достопримечательностей Рубцовска и охраняется как памятник архитектуры государственного значения. В России осталось не так много подобных деревянных церквей. Он расположен на улице Советской, ранее известной как Церковная. Когда-то храм был центром небольшого села, вокруг которого располагались низкие домики и дворы. В то время многоэтажные дома еще не строились, и церковь была единственной высотной постройкой, видимой издалека. Звон колоколов разносился по всей округе.

Церковь была построена в начале XX века и освящена в феврале 1906 года. Ее история сложилась удачно: она пережила революцию и постреволюционный период. В Советской республике храм был закрыт всего около десяти лет, с 1937 по 1946 год. В остальное время он оставался действующим, будучи единственной церковью в городе, где регулярно проводились службы и обряды. По одним данным, строители и проектировщики храма неизвестны, по другим, его возводила артель из 20 человек из Томска.

Церковь имеет семь глав, в ее архитектуре присутствуют традиционные для сибирских церквей черты, такие как форма в виде корабля и простота декора. Также можно увидеть элементы древнерусского и готического стилей: высокая узкая восьмигранная колокольня с шатровым куполом и маленькой главкой в форме свечи. В 1920-е годы власти пытались изъять церковную утварь, но прихожане смогли ее отстоять.

В 1930-е годы храм заняли "обновленцы", представители нового религиозного течения, поддерживавшего советское правительство и реформы, отрицавшего власть патриарха Тихона и выступавшего за модернизацию богослужения. В 1937 году церковь закрыли, колокол отправили на переплавку, внутреннее убранство и иконы были уничтожены. Храм использовался как склад стройматериалов и зернохранилище, а во время Великой Отечественной войны в нем размещались общежитие и амбулатория. После открытия церкви в 1940-х годах, разрешение на которое добивались в Москве, убранство и иконостас восстанавливались за счет пожертвований горожан.

В 1950-х годах в храме восстановили иконостас, а в 1992 году его покрыли позолотой. В 2002 году храм получил новые колокола из Воронежа.