Храм Христа, служащий домом молитвы для евангельских христиан-баптистов в Великом Новгороде, стал первым храмом, возведённым в городе после октябрьской революции 1917 года. Его проект разработал архитектор В.К. Белов. Символический камень был заложен 10 сентября 1994 года, а освящение провели епископы северо-западных областей С.И. Николаев и евангельских и баптистских церквей Новгородской области А.И. Корабель. В церемонии также участвовали главный архитектор города И.Я. Безлаковский, пастор из Финляндии Кай Холти, настоятель церкви Бориса и Глеба Олег и другие.

23 декабря 1999 года государственная комиссия подписала акт приёмки здания храма в эксплуатацию, а освящение состоялось 7 и 9 июля 2000 года. Храм имеет прямоугольную и одновременно крестовидную форму, наполненную символикой. Его длина составляет 55 метров, ширина 34 метра, а высота до креста, 22 метра. На первом этаже расположено просторное фойе, а на втором, богослужебный зал с балконом и алтарной частью, обращённой на восток.

Величие храма неоднократно отмечалось в светских источниках: «Храм на улице Кочетова в Великом Новгороде известен сегодня всем: величественный, вместительный, он вырос на окраине города как бы и незаметно для горожан. А облик улицы уже невозможно без него представить». «Апофеозом же баптизма на новгородской земле, стало, конечно, появление в 2000 году Храма Христа, что в областном центре на улице Кочетова. Сооружение это за счет своих размеров впечатляет даже внешне». В спальном районе Новгорода многоэтажный храм рассчитан на тысячу посетителей.

Здание принадлежит «Местной религиозной организации Христианская Евангельская Церковь Великого Новгорода», история которой начинается в 1863 году. Тогда баптисты-переселенцы появились в деревне Любине-Дерева Крестецкого района. На юбилейном богослужении в Храме Христа президент латышского Союза Евангельских христиан-баптистов доктор Янис Шмидт рассказал об этом периоде: «Это было трудное, но одновременно славное время, когда на Великой Руси отменили крепостное право. На землю Новгородскую прибыл латыш Кришьян Валдемар и купил здесь землю для переселенцев-земляков. На его призыв переселиться в Новгородскую землю отозвалось более 600 семей. Среди них было очень много верующих».

Профессор Борис Федорович Инфантьев пишет, что латыши переселились из Дундагской волости в валдемаровское новгородское имение Юлианово. Ссылаясь на статью редактора Московских ведомостей Каткова М.Н., Инфантьев приводит свидетельства новгородского лютеранского пастора Рейтлингера и предводителя дворянства Крестецкого уезда о том, как довольны переселившиеся крестьяне качеством земли и инициативой Валдемара. На приглашение Валдемара откликнулось тысяча латышей, и в 1869 году там сформировалась первая официальная церковь баптистов, а позднее и в Новгороде, где около 1884 года появились христиане евангельской веры, последователи отставного гвардии полковника Пашкова.

После многих лет репрессий верующих в советский период, власти зарегистрировали церковь в Новгороде в 1976 году. В 1960-х годах верующие ездили на богослужения в село Бронница, находящееся в 26 км от областного центра. Это продолжалось до 1970 года, когда им разрешили собираться в самом городе, в доме № 29а по улице Большевиков. В 1981 году община приобрела Дом Молитвы на улице Новосёлов № 4, где богослужения проводились до постройки Храма Христа.