Калужские Епархиальные Ведомости от 15 мая 1889 года сообщали о церкви в селе Высокиничи: крестьяне деревни Высокиничи, Тарусского уезда, решили построить в центре деревни каменную часовню. В ней планировалось разместить иконы святых, чьи имена носили члены Августейшего Семейства, и ежегодно 17 октября проводить благодарственные молебны. Архив Калужской области сообщает, что церковь-часовня была построена в 1892 году в память о событиях 17 октября 1888 года и 29 апреля 1891 года. Средства на строительство поступили от благотворителей и местных жителей, а возведение велось под руководством крестьянина Дмитрия Петровича Шиньшичева. Часовня была освящена 19 сентября 1895 года Архимандритом Пименом.

Церковь-часовня в Высокинцах, построенная в 1892 году, представляла собой каменное здание с деревянной колокольней и металлической крышей. Она имела один престол в честь Святителя Николая Чудотворца. В 1911 году к ней пристроили трапезную с двумя пределами и каменную колокольню. Внутри были установлены два иконостаса, и количество престолов увеличилось до трех: в честь Святителя Николая, Святого Пророка Илии и Святого Князя Александра Невского. Последние два престола освятили 3 июля 1911 года.

По указу Калужской Духовной Консистории от 8 августа 1895 года церковь-часовня была приписана к Николаевскому храму в соседнем селе Оболенском, и богослужения проводил причт этой церкви. У церкви не было ни земли, ни домов для священнослужителей. В 1930-е годы церковь была закрыта и разграблена. Колокольня и часть постройки были разобраны на кирпичи, а оставшаяся часть стала клубом. В 1980-е годы здание пострадало от пожара и было заброшено, уцелела лишь трапезная и частично пределы.

В мае 2009 года по благословению Митрополита Калужского и Боровского Клемента начались работы по восстановлению храма. Жители села расчистили территорию, закрыли оконные проемы досками. 16 мая 2009 года в храме прошел первый молебен. Ярославский мастер подарил храму три колокола, и с каждым молебном собиралось все больше людей. На Ильин день, 2 августа 2009 года, был отслужен молебен и освящены колокола. Впервые за 100 лет прошел крестный ход под звон колоколов. С февраля 2012 года в храме стали регулярно проводиться службы, и возобновилось Евхаристическое общение верующих. Храм ожил.