В 2008 году при строительстве жилого микрорайона были обнаружены человеческие захоронения, что вызвало общественный интерес. Согласно документам из Государственного архива Орловской области, выяснилось, что это бывшее Лутово кладбище, основанное в 1783 году старообрядцами, признающими священство. Оно предназначалось для орловских купцов и мещан, находившихся в расколе, и располагалось на арендованной земле, принадлежавшей старику Лутову. По его имени кладбище и получило свое название.

Позже старообрядцы полностью выкупили этот участок и построили на нем часовню. Здесь были похоронены известные старообрядческие и единоверческие купцы, которые вносили значительный вклад в бюджет Орла.

В период правления Николая I (1825-1855) многие старообрядцы перешли в единоверие, вернувшись в официальную Православную Церковь, сохраняя старые обряды. В 1884 году на месте Лутовской часовни купец А. И. Чубыкин построил новую деревянную церковь. Николо-Лутовский храм был разрушен в 1928 году.

Узнав об этих фактах, застройщик решил отказаться от строительства жилых зданий на этом месте и вместо этого построить храм. В 2014 году была зарегистрирована община, проведены отвод земли и межевание.

6 сентября 2015 года митрополит Орловский и Болховский Антоний освятил камень и поклонный крест в основании строительства храма во имя святителя Николая Мирликийского в микрорайоне Новая Ботаника на улице 5 Орловской стрелковой дивизии.