В XIII веке князь Роман Брянский, в благодарность за исцеление от слепоты, полученное благодаря Свенской иконе Божией Матери, передал земли, где сейчас находятся села Елисеевичи, Меркульево, Титовка и Староселье, основанному им Свенскому Успенскому монастырю. На средства монастыря здесь был возведен деревянный храм в честь Святых мучеников Флора и Лавра. Для проведения богослужений был прислан иеромонах Елисей, в честь которого село получило свое название. При Екатерине II приход села Елисеевичи стал самостоятельным. Однако современные исследователи считают, что церковь, существовавшая до строительства каменного храма, была посвящена Николаю Чудотворцу и неоднократно перестраивалась. Так, в 1715 году по просьбе священников села Елисеевичи было велено освятить новую церковь во имя Николая Чудотворца.

Сомнения вызывает и личность иеромонаха Елисея, в честь которого, предположительно, названо село. Во-первых, иеромонах не мог одновременно быть приходским священником и управлять монастырской вотчиной. Во-вторых, название Елисеевичи скорее связано с потомками некоего Елисея, что для монаха невозможно. Название от имени Елисея звучало бы как Елисеево. Кроме того, данные из «Исторического описания церквей и монастырей Орловской Епархии» 1905 года основаны на рассказах старожилов, что не гарантирует их достоверность. Возможно, Елисеевичи и другие соседние села были пожалованы Свенскому монастырю князем Романом Михайловичем, а название связано с первым священником и его потомками, если они оставили добрую память. Переходя к документально подтвержденным фактам, первые достоверные сведения о селе Елисеевичи содержатся в писцовых книгах 1595 года. В то время в селе было пять дворов церковнослужителей, две келлии для четырех «стариц, черноризиц», четыре келлии для нищих и один монастырский двор.

К началу 1840-х годов старая деревянная церковь обветшала, и крестьяне решили построить новый каменный храм. Инициатором строительства стал крестьянин Василий Агапеев, и в 1843 году храм был открыт. При нем было построено здание церковно-приходской школы, открывшейся в 1899 году, где в 1905 году обучалось 42 ученика. Точные данные о времени закрытия храма отсутствуют, но известно, что в 1930 году священник Ипполит Алексеевич Осипов был арестован и сослан на три года. В настоящее время готовятся документы для возвращения здания храма Брянской Епархии.