История православия на Новой Земле начинается с XVII века, когда игумену Феодосию из Антониево-Сийского монастыря поручили отправить на острова в Ледовитом океане священника и дьячка. Однако в архивах нет данных о том, было ли это распоряжение выполнено. Первые достоверные сведения о храмах и часовнях на Новой Земле относятся к концу XIX века, когда началась плановая колонизация архипелага.

До революции на Новой Земле действовало подворье Николо-Корельского монастыря, где жили одиннадцать монахов. В советское время церковная жизнь была прервана. До наших дней сохранился Свято-Никольский храм в поселке Белушья Губа, который является административным центром Новой Земли.

Церковь была построена в 1913 году. Никольский храм в Белушьей Губе также служил школой и аптекой. Со временем поселок отступил от берега залива примерно на километр, и храм оказался за его пределами. Здание использовалось в различных хозяйственных целях и сохранилось в полуразрушенном состоянии.

Возрождение началось в 1997 году, когда епископ Тихон освятил первый камень для будущего храма на Новой Земле. В 1999 году туда был назначен первый настоятель прихода, иеромонах Иннокентий (Русских). За восемь с половиной лет он собрал православный приход, восстановив связь с Православием, прерванную в советские годы.

16 сентября 2006 года епископ Архангельский и Холмогорский Тихон провел чин Великого освящения Свято-Никольского храма, который является самым северным в России.