В 1785 году монастырь был закрыт и преобразован в приход. Храм Преображения сохранили, а большинство строений, включая новую каменную церковь Святителя Николая, разобрали на кирпичи. 24 августа 1863 года по высочайшему указу монастырь восстановили под названием Белогорская Николаевская пустынь. В 1865 году в монастыре возвели каменный храм в честь святителя Николая Чудотворца.

Сегодня монастырь возвращён верующим. 19 декабря 2001 года, в день памяти святителя Николая, Митрополит Курский и Рыльский Ювеналий провёл первое богослужение. Монастырь был отреставрирован.

После передачи монастыря в Николаевском храме проведена значительная реставрация. Заменили пол в алтаре и полностью перебрали балки, так как ранее храм использовался как клуб и там была сцена. Установлен дубовый иконостас, написаны иконы Деисусного чина, а также два больших киота для чудотворной Пряжевской иконы Божией Матери и Киево-Печерских святых, 84 частицы мощей которых хранятся в ковчеге при этом образе.

В 2008 году завершили роспись храма. Работы выполняли известные московские иконописцы-реставраторы Александр Лавданский и Алексей Вронский. В 2005 году они расписали западную стену храма, свод и стены алтаря. В 2006 году появились изображения Пантократора в центре храма, архангелов и четырёх евангелистов. Летом 2007 года на потолочном своде изобразили двунадесятые праздники и образы некоторых великих преподобных отцов, особо почитаемых в монашестве, а также преподобных отцов из Собора Курских святых. На фасаде храма написаны три иконы: святителя Николая над входом, главная икона Горнальского Свято-Николаевского монастыря, а по бокам от входа, архангел Михаил и архангел Гавриил.