Первое упоминание о храме на территории современного села Койгородок датируется 1586 годом в Писцовой книге Яренского уезда. В то время на погосте Колгорт находилась часовня в честь святого Афанасия Великого. В 1678 году здесь была построена церковь Нерукотворного Образа Спаса с тремя дворами для церковнослужителей. Предшествующая современному храму Спасская церковь сгорела в начале XIX века.

В 1807 году прихожане Спасского прихода получили разрешение от Преосвященного Феофилакта, епископа Вологодского и Устюжского, на строительство новой каменной церкви вместо сгоревшей деревянной. В период с 1808 по 1810 годы был построен теплый придел в честь святой мученицы Параскевы Пятницы, а в 1816 году завершено и освящено строительство главного Спасского храма. Рост числа прихожан и недостаточная вместимость храма побудили церковное попечительство в 1895 году ходатайствовать о его расширении. В ожидании положительного решения прихожане в 1896 году заготовили 250 тысяч кирпичей и собрали 1700 рублей. В 1897 году губернский инженер разработал проект расширения церкви, который был утвержден Строительным отделением Губернского правления. В 1898 году Вологодская Духовная Консистория дала разрешение на строительство.

Летом 1899 года был заложен фундамент нового храма. Строительство велось самими прихожанами под руководством известного подрядчика Николая Григорьевича Кононова. Весной 1900 года стены были подняты на сажень от фундамента, но работы приостановились из-за отсутствия технического надзора. Летом 1901 года контроль за строительством взял на себя архитектор Великоустюжского Викариатства Дружинин. К осени 1901 года кирпичная кладка стен была завершена. Подряд на внутреннюю и внешнюю отделку, а также на печные и кровельные работы, взял Н.Г. Кононов. К 31 августа 1902 года строительство и внешняя отделка храма были завершены. Осмотр и освидетельствование работ провел 21 декабря 1902 года епархиальный архитектор Александр Лебединский.

Кубическая пятиглавая композиция церкви отражает древние традиции культовой архитектуры, связывая её с византийскими и русскими истоками. Храм в селе Койгородок, пятиглавый и расположенный на высоком холме, стал высотной доминантой села. Он был пристроен к одноглавой бесстолпной церкви, построенной в 1807 году, где позже устроили трапезную. Новый храм представляет собой кубическое четырехстолпное пятиглавое сооружение с тремя алтарными апсидами. Внутри своды поддерживаются столбами, а центральное пространство перекрыто сомкнутым сводом с световым барабаном. Храм двусветный, в его архитектуре преобладают формы, характерные для древнерусских церквей: фасады имеют трехчастное членение с кокошниками и килевидными завершениями. Декоративные элементы фасадов выполнены из кирпича, включая аркады на барабанах и кокошники у их основания.

После Октябрьской революции 1917 года начались гонения на церковь. В 1919 году церковный совет был распущен. Высокая арендная плата и постоянное налоговое давление привели к закрытию церкви в 1940 году, и здание было передано под склад. В 1980-х и 1990-х годах церковь пустовала.

Постановлением Госсовета Республики Коми от 24 марта 1999 года здание было передано в собственность Сыктывкарской и Воркутинской епархии Московского Патриархата Русской Православной Церкви.