Около двухсот лет назад можно было утверждать, что эта церковь находилась на высоком берегу Москва-реки, где в нее впадала речка Пресня. Сейчас она расположена вдали от воды и является доминантой двух переулков. Церковь известна с конца XVII века и никогда не закрывалась. Изначально она была деревянной и находилась прямо у переулка, на месте нынешней колокольни.

В 1714 году было решено построить новую каменную церковь, но старую деревянную не снесли, а заложили новый храм рядом. Это оказалось мудрым решением, так как вскоре вышел указ Петра I, запрещающий каменное строительство в Москве. Указ отменили в 1728 году, и в 1734 году каменный храм был освящен. После этого деревянную церковь разобрали, и новый каменный храм с деревянной колокольней оказался в глубине участка. До XIX века церковь оставалась в таком виде.

В 1804 году колокольня сгорела, и было решено изменить архитектуру храма. Новую трехъярусную каменную колокольню вынесли на красную линию улицы, и она была построена в 1810 году, став украшением церкви и входом в храм, представляя с ним единое целое.

Расходы и организацию переделок взяли на себя известные прихожане. Колокольня строилась при участии купца Федора Резанова. Николай Ушаков, служивший в комиссии от строений, занимался поиском архитекторов. Доктор Матвей Мудров внес значительные пожертвования на строительство трапезной и роспись стен. Благодаря его усилиям появился новый придел во имя Софии Премудрости Божией, покровительницы его жены и дочери.

В конце XIX века потребовались новые переделки и росписи, которые были выполнены в 1898 году. На восточном своде храма и у северной стены росписи выполнены в стиле фресок Владимирского собора в Киеве. Есть серьезные основания полагать, что они принадлежат кисти В.М. Васнецова, который руководил здесь росписями стен. В храме также есть мозаика сводов, характерная для мастерства Васнецова.

Церковь не закрывалась в советские годы. Хотя ее ограбили и сняли колокола, службы продолжались. В послевоенное время количество прихожан настолько возросло, что в праздники было трудно войти в переулок. С оживлением церковной жизни появилась возможность реставрации храма, благодаря которой были открыты фрески В.М. Васнецова.