В 1995 году, когда началось восстановление Кылтовского монастыря, от него сохранились только сестринский корпус и частично уцелевший собор. К 2008 году сестринский корпус был отремонтирован, а на втором этаже здания обустроили небольшую домовую церковь в честь Афанасия Великого.

История основания Крестовоздвиженского Кылтовского женского монастыря началась с поездки Архипастыря Великоустюжского Иоанникия. Он отметил, что на протяжении тысячи верст Зырянских земель не было ни одной женской обители, хотя набожность зырян была очевидна: почти в каждом населенном пункте имелись церковь, часовня и Крест. Многие желали уйти в монастырь, а также была необходимость в обучении девочек грамоте, ремеслу и домоводству. После длительной переписки по экономическим вопросам было получено благословение на создание женского монастыря.

Местом для него выбрали Крестовый Стан, расположенный между реками Кылтовка и Большая Ель, где подвизался пустынник Василий Пестерев из села Ляли. Он установил Крест возле своей избушки. В 1826 году охотник из села Серегово, находящегося в 15 верстах от пустыньки, увидел свет вдали и засвидетельствовал, что он исходит от Креста. Этот Крест оказался чудотворным, и с тех пор у него получали исцеление от многих болезней. Пустынька была названа Крестовым Станом, и со временем она выросла в Крестовоздвиженский Кылтовский монастырь.