В живописном уголке города, на пересечении улиц Ленина и Щепкина, где ранее были улицы Курская и Покровская, расположена небольшая церковь во имя Покрова Пресвятой Богородицы. Она была построена одновременно с основанием города. В описании города Суджи, составленном воеводой Герасимом Рогозиным в 1664 году, упоминается: «...напротив Московских ворот за городом находится церковь во имя Покрова Пресвятой Богородицы, расположенная среди слободы, в которой насчитывается 118 дворов». Первоначально церковь была деревянной и небольшой, но со временем начала разрушаться. Прихожане решили построить новую на том же месте, и строительство завершилось в 1799 году. Когда и эта церковь обветшала, было решено возвести новую каменную на другом месте, где она стоит и сейчас. Освятили церковь в 1828 году. Рядом с ней находился одноэтажный домик и приходская школа.

Приход церкви включал слободу Подол и улицы Покровская и Херсонская. В 1915 году церковь была отремонтирована, о чем свидетельствует надпись на фундаменте алтарной части. В 1916 году священник о. Сергий (Руднев) составил церковную ведомость, в которой указано, что в церкви было три престола: в честь Покрова Пресвятой Богородицы, святого великомученика Пантелеймона и святителя Иосафа Белгородского. При храме был огород и сад, доход от которых составлял 25 рублей. В церкви хранились важные документы, такие как опись церковного имущества с 1858 года и копии метрических книг с 1774 года. В приходской школе обучались 20 учеников, занятия вели священник и учительница Ольга Ивановна Несмачная. Старостой храма был купец Алексей Иванович Шабельников.

Церковь функционировала до 1937 года, когда был арестован священник протоиерей Александр (Аушев), и храм закрыли. Во время Великой Отечественной войны, в результате налета вражеской авиации, храм пострадал: была разрушена колокольня, повреждены купол и крыша. После войны здание использовалось как склад. Храм стоял обветшалым, полуразрушенным и забытым. Суджанский поэт П. Ветошкин писал: «Теперь никто уже не помнит, кто первый камень заложил, кто строил стены и поднимал колокола... Я видел, как последний рубль соседка в церковь принесла».

Однако храм выстоял и был возрожден. В начале 19 века его строили всем миром, и в конце 20 века его также восстанавливали всем миром. Работы по восстановлению начались 24 мая 1994 года, и с 1997 года в храме впервые за 60 лет возобновились богослужения. Восстановительные работы продолжаются и по сей день.