Храм Михаила Черниговского в Геленджике расположен на Тонком мысу и имеет более чем вековую историю. В 1910 году начался сбор пожертвований для его строительства. Проект церкви разработал придворный архитектор, академик В. Покровский. Храм планировалось построить в неорусском стиле, который сочетал элементы национального зодчества с модернистскими эстетическими требованиями. В 1913 году комиссия утвердила церковь, возведенную под руководством архитектора С.А. Каллистратова, и храм начал свою работу. Однако в послереволюционные годы здание превратили в клуб, а затем в электроподстанцию. После войны о храме Михаила Черниговского в Геленджике практически забыли, и он постепенно разрушался.

В 1992 году была проведена инвентаризация объектов историко-культурного наследия, и все дореволюционные храмы, уцелевшие после войны, были внесены в списки памятников культовой архитектуры для утверждения в крае. Храм Михаила Черниговского в Геленджике также попал в эти списки.

В 1995 году храм был передан подворью Черниговского скита Свято-Троице-Сергиевой Лавры. Во время реставрации не удалось полностью восстановить первоначальный облик храма: изменились пропорции шатра, внутренняя отделка была выполнена заново, а иконостас привезли из Москвы.