В 1878 году в селе Пены Обоянского уезда была возведена каменная Богоявленская церковь с тремя престолами, при священнике Константине Григорьевиче Яковицком. В приходе села Пены функционировали церковноприходская и земская школы, а в храме служили два священника, два псаломщика и один диакон.

В 1901 году служили священник Иоанн Михайлович Сресивцев, диакон В.И. Щеголев, псаломщики Н.И. Краплин и И.Г. Попов. Впервые храм был закрыт по решению президиума Центрально-Черноземного облисполкома, и здание передали местному совету для культурно-просветительских нужд, но точные даты неизвестны. Второе закрытие произошло в годы советского атеизма, когда иконы выбрасывались, а священников ссылали в Сибирь.

Церковь вновь открылась в 1941 году во время немецкой оккупации. Это, вероятно, было желанием старшего поколения, так как они собирали церковную утварь по всему селу. В то время священником был Николай Краплин, пожилой мужчина с темно-рыжей бородой, который ранее служил здесь псаломщиком. Он был мастером на все руки и много сделал для поддержания церкви: изготовил рамы-решетки на звоннице и центральный иконостас, который сохранился до наших дней. После его смерти священником стал его сын Евгений Николаевич Краплин. Точные даты постройки Белой церкви установить не удалось, но известно, что ее ненадолго закрывали в 1955 или 1956 году.

19 января 2008 года после Божественной литургии настоятель храма, иерей Николай Гонтар, призвал подготовить церковь к освящению и празднованию 130-летия, а также обратился за финансовой поддержкой для ремонта. В восстановлении участвовали организации из Курска, Москвы, Белгорода, Брянска, а также предприниматели из Беловского и Ивнянского районов.

12 августа 2008 года состоялось значимое событие для Богоявленского прихода: архиерейское освящение трех престолов и празднование 130-летнего юбилея храма.