Богоявленский храм является одним из самых древних в Фатежском крае. Село Большое Анненково возникло в середине XVII века как церковный приход этого храма. Уже в 1630-х годах в исторических документах упоминается село с храмом. Первоначально церковные здания строились из дерева, но они быстро разрушались, ветшали или сгорали. В 1778 году прихожане построили один из таких деревянных храмов, и тогда приход насчитывал 3467 человек.

В 1914 году было построено величественное каменное здание храма с колокольней, в котором было три престола: в честь Богоявления Господня, Казанской иконы Божией Матери и святителя Николая Чудотворца. Внутри храма особое внимание уделялось своду, символизирующему духовное небо и создающему впечатление глубины и прочности. Храм был возведен в стиле крестово-купольной архитектуры.

Строительство велось на средства общины и пожертвования. Например, церковный староста Иван Михайлович Воинов пожертвовал 5 тысяч рублей, за что был удостоен грамоты Святейшего Синода. Прихожане решали вопросы строительства на общем собрании, а все работы выполнялись членами общины бесплатно. Глину брали в овраге, там же изготавливали и обжигали кирпич, добавляя в раствор яйца для прочности.

Богоявленская церковь владела 49 десятинами земли, доходы от которой шли на содержание причта и частично на три земские школы, основанные в селе в 1870, 1903 и 1911 годах.

Первым настоятелем храма был иерей Антон Афанасьев, 1695 года рождения. Его сын Семен был диаконом. В то же время служил иерей Климент, чей сын Павел был пономарем. В 1780 году здесь служили иереи Евсигний Пустовойтов и Амон Камин.

Последним настоятелем до 1917 года был иерей Иван Попов, который родился в семье священника и окончил Курскую духовную семинарию. Он воспитал шестерых детей после смерти жены.

Храм был закрыт после революции. По словам старожилов, его хотели взорвать, но председатель колхоза приспособил здание под зернохранилище.

После освобождения села от оккупации жители восстановили храм. В военные и послевоенные годы приход возглавлял протоиерей Георгий Псарёв, который сталкивался с трудностями, такими как нападения на храм и отсутствие средств. В 50-е годы настоятелем был протоиерей Димитрий Александров, оставивший добрую память о себе.

В 1980-е годы храмом занимались протоиерей Валерий Пашков и иерей Василий Лазарчук, который провел реконструкцию. В 1990-х годах служили протоиерей Алексей Кононов и иерей Владимир Лазар. С 1996 по 2002 год настоятелем был иерей Владимир Моносилов.

С ноября 2003 года настоятелем является иерей Игорь Крутиков. Под его руководством проведены работы по обновлению храма, установлена малая колокольная звонница и проведено отопление. При храме действует воскресная школа, проводятся огласительные беседы перед Таинствами, оказывается помощь нуждающимся.

Храм привлекает людей всех возрастов, особенно многолюдно в престольные праздники. В 2011 году впервые прошел крестный ход с иконой Богородицы, в котором участвовало более ста человек.