Постановление о создании историко-краеведческого музея в Полярном было подписано 30 октября 1997 года, а его официальное открытие состоялось 24 июня 1999 года, когда были представлены первые экспозиции. Это событие приурочили к празднованию 100-летия со дня основания города Полярного.

Музей находится на улице Моисеева в трёхэтажном каменном здании, построенном в 1930-е годы для Северной военной флотилии. Это одно из первых капитальных строений города.

Основные задачи музея включают сохранение и изучение историко-культурного наследия города, архитектурных памятников и достопримечательностей, а также проведение научно-исследовательской и педагогической работы. Музей также уделяет внимание изучению и охране природной среды и экологии региона.

Главная выставка музея посвящена истории Полярного и флота, так как в городе находится военно-морская база Северного флота. Историческая экспозиция занимает три зала на втором этаже здания, общей площадью 400 м², и включает пять тематических разделов: флора и фауна края, археология, история города, история военно-морской базы и Вторая мировая война, а также современный Полярный.

Летом 2000 года в музее появилась новая экспозиция военной техники под открытым небом.

В музее также проводятся временные выставки, которые организуются как из собственных фондов, так и из коллекций других музеев. Тематика таких выставок разнообразна: от художественных и фотографических до ремесленных и промышленных, включая экспозиции продукции местных предприятий и техники.

На 2003 год постоянные экспозиции занимали 351 м², временные, 273,6 м², фондохранилище, 48,5 м², а парк, 29,5 гектаров. В фондах музея насчитывается более 12 000 единиц хранения, включая предметы быта местных жителей, материалы по истории освоения Кольского севера и многое другое. Под открытым небом выставлены 35 единиц военной техники, такие как танк Т-34 и истребитель МиГ-31.

С 2001 года, после начала археологических раскопок в окрестностях Полярного, в музей стали поступать находки, например, объекты ритуальных захоронений древних людей.

При музее работают лекторий, кинозал, библиотека, школа юных экологов и клуб коллекционеров. Проводятся курсы экскурсоводов, литературные вечера, научные конференции и программы для детей, такие как «Музейная педагогика», «Я на Севере служу» и «Мой город и люди, которые в нём живут».

Музей активно занимается научной и просветительской деятельностью, сотрудничая с учреждениями Мурманской области, России и стран бывшего СССР. Он устанавливает связи с зарубежными музеями и при поддержке ЮНЕСКО участвует в программе ООН по устойчивому развитию береговых областей и островных государств.