Главное административное здание Новгородской губернии XVIII и XIX веков было спроектировано губернским архитектором В.С. Поливановым. В этом здании находились уездное казначейство, уголовный и гражданские суды, казенная палата, Приказ Общественного призрения, губернская чертежная и другие учреждения. В подвалах располагались винные склады и магазины.

Сегодня это здание, типичное для эпохи классицизма, служит местом для основных экспозиций музея. Здесь представлена самая большая в мире коллекция древнерусских икон, произведения древних мастеров и резчиков по дереву, а также археологические находки, рассказывающие об истории новгородской земли.