Геленджикский историко-краеведческий музей был основан в 1909 году под названием «Естественно-научный музей». Его создание началось с археологических коллекций профессора В.Б. Саханева, которые первоначально размещались в сторожке Михаила Михайловича Рейнке.

Сегодня музей играет важную роль в сохранении материальной и духовной культуры города и курорта. Геленджик славится своими уникальными природными и климатическими условиями, разнообразием флоры и фауны, что отражено в его коллекциях. В музее представлены образцы горных пород, насекомых, птиц, животных и обитателей Черного моря. Также здесь можно увидеть археологические коллекции, связанные с дольменной культурой III-II тысячелетия до н.э. и античностью VI-V вв. до н.э., когда на берегу бухты находилось древнегреческое поселение Торик, что связывает курорт с мировой цивилизацией. Средневековье представлено экспонатами адыгской культуры, а Кавказская война, предметами, напоминающими о событиях в Геленджикском укреплении, основанном в 1831 году, включая макет укрепления, созданный художником Александром Завалием. Коллекция мебели конца XIX, начала XX века демонстрирует быт дачников того времени.

У музея есть филиалы: Батарея № 394 капитана А.Э. Зубкова на трассе М-4 «Дон» между Новороссийском и Кабардинкой и Дом-музей В.Г. Короленко в хуторе Джанхот.