Ейский историко-краеведческий музей, один из старейших в Краснодарском крае, был основан 5 мая 1910 года на базе музея наглядных пособий, созданного местными педагогами. В феврале 2000 года музею присвоили имя выдающегося ейского краеведа Владимира Васильевича Самсонова, который руководил им с 1929 по 1962 год.

Во время оккупации города немецко-фашистскими войсками (с августа 1942 по февраль 1943 года) все коллекции музея были полностью утрачены.

В настоящее время фонды музея включают материалы археологических и этнографических экспедиций, документы, фотографии, награды жителей Ейска, а также уникальные материалы по истории города и Северо-Западного региона Кубани. Музей собрал интересные сведения о знаменитых ейчанах: "Чемпионе чемпионов" И.М. Поддубном, известном художнике-графике Д.И. Митрохине, актере и режиссере С.Ф. Бондарчуке, актрисе Н.В. Мордюковой и многих других.

На основе коллекций музея в 1971 году был открыт мемориальный музей выдающегося борца, шестикратного чемпиона мира, Заслуженного мастера спорта СССР и Заслуженного артиста РСФСР Ивана Максимовича Поддубного. В 1980-е годы из Чехословакии в музей поступила коллекция И.А. Арзамасцева, посвятившего свою жизнь сбору произведений живописи и графики и завещавшего её родному городу.

1 января 2008 года был открыт художественный музей, который является филиалом историко-краеведческого музея. В 1995 году на Ейской косе был открыт мемориальный комплекс "Защитникам Ейска", экспозиция которого рассказывает об обороне и освобождении города в годы Великой Отечественной войны.

Экспозиция главного музея, созданная в 1986-1988 годах коллективом Ростовского художественно-производственного комбината в стиле постмодерн, посвящена природе и истории Северо-Восточного Приазовья и города Ейска.

Основное помещение историко-краеведческого музея имени Владимира Васильевича Самсонова находится на третьем этаже здания, построенного в 1913 году, которое составляет единый комплекс со зданием администрации Ейского района. Этот комплекс является типичным для архитектурной среды исторической части Ейска и выполнен в стиле "модерн". Художественная зала расположена в здании бывшей церкви на улице Таманская, 149. Экспозиция, посвящённая жизни Ивана Максимовича Поддубного, находится в здании, построенном в 1971 году в парке Поддубного возле могилы прославленного борца, чьё имя стало символом богатырской силы и спортивного долголетия.