Каменный храм в честь святителя Иоанна Златоустого в селе Долгие был заложен 29 августа 1893 года на средства прихожан. В июле 1903 года святой праведный отец Иоанн Кронштадтский пожертвовал 100 рублей. Строительство завершилось в 1903 году, а освящение состоялось 10 ноября того же года. Один из участников освящения описывал храм как «великолепный, просторный, светлый, с изящной живописью и достойной, хотя и недорогой обстановкой».

Изначально храм был приписан к Христорождественской церкви в селе Частоозерье, священник и псаломщик которой проживали в Долгих. В 1890 году прихожане построили дом для псаломщика, а в 1903 году, удобный и просторный дом из шести комнат для священника. Оба дома были деревянными и находились на церковной земле, являясь собственностью церкви.

В 1909 году при храме был создан собственный штат причта, состоящий из священника и псаломщика. В 1913 году вокруг церкви возвели ограду.

В 1935 году Президиум Челябинского облисполкома решил снять колокола с церкви, так как она не функционировала три года. Колокола передали в областную контору «Металлолом», а в здании храма разместили колхозный клуб. В результате советского использования от храма остались только нижние стены, и он оказался в аварийном состоянии.

В 2018 году начались работы по восстановлению храма. Вскоре полуразрушенное здание, утратившее черты православного храма, обрело практически свой первоначальный вид.