В собрании рукописей архиепископа Самуила Миславского находилось "Сказание о построении Вознесения деревянной церкви" XVI века. В нем рассказывается, что при Иване Грозном Ярославль был известен как торговый центр. В город приезжали торговцы из северных стран, чтобы продавать свои товары и закупать местные. В Ярославле поселилось много иностранцев, которые жили в мире с местными жителями и строили склады. Немецкие купцы, при поддержке ярославского купца Луки Дурандина, обратились к ростовскому архиепископу Давиду с просьбой разрешить построить церковь по их обычаям. Архиерей разрешил построить кирху в слободе Кондакове, недалеко от реки Которосль. Там жил православный грек Василий Кондаки, который, узнав о планах строительства, решил возвести на этом месте деревянную православную церковь в честь Вознесения Господня.

Получив благословение ростовского владыки Евфимия, Василий подготовил все необходимое для строительства и в 1584 году заложил церковь, которую завершил на следующий год. Она была украшена и снабжена всем необходимым. Позднее рядом построили теплую церковь Сретения Господня. Деревянные храмы не раз горели. В документах Вознесенской церкви записано, что в 1667 году сгорели две деревянные церкви. В конце августа того года священник Петр с прихожанами попросил митрополита Иону разрешить построить новую деревянную Сретенскую церковь. Разрешение было получено в сентябре 1668 года. В 1677 году священник обратился с просьбой построить каменную Вознесенскую церковь, и через пять лет она была освящена. В 1706 году в летнем храме освятили придел во имя Зосимы и Савватия Соловецких. Второй придел был устроен в 1810 году на средства купчихи А. Ф. Красильниковой. В 1736 году холодный храм расписала местная артель. Каменная теплая церковь Сретения Господня была построена по благословению митрополита Ионы и освящена в 1691 году. Она простояла около ста лет и была перестроена в 1785 году. Жертвователем строительства был фабрикант Григорий Федоров Гурьев. Окончательное обустройство теплой церкви завершила его дочь Александра. В 1825 году живопись храма обновил В. В. Сарафанников. В 1850 году в теплой церкви устроили придел Николая Чудотворца. В 1867 году храм частично переоборудовали, пристроив паперть. Четырехъярусная колокольня была построена в 1745 году на средства Гурьева. В 1802 и 1848 годах были отлиты новые колокола. По плану перестройки Ярославля возле храма хотели устроить торговую площадь, но от этой идеи отказались.

В XIX веке рядом с храмом находилась Сенная площадь, где проходили торги. В Вознесенском приходе почитались иконы Владимирской Богоматери и Николая Чудотворца. Образ Владимирской Богоматери достался купцу Кувшинову по наследству. Несмотря на его уважение к иконе, он несколько раз закладывал ее в питейном доме. После третьего выкупа икона чудесным образом переместилась в дом откупщиков, где прославилась чудесами. В 1850 году икону передали в храм. Икона Николая Чудотворца была найдена фабрикантом Гурьевым в его конюшне после видения. После этого он исцелился от болезни. Икона хранилась в доме Гурьева, а затем была передана в храм. Еще одна почитаемая икона, Зосимы и Савватия Соловецких, была пожертвована купцом Калмыковым. В приходе ежегодно 4 сентября отмечали праздник иконы Богоматери Неопалимая Купина.