Изначально планировалось построить две церкви: одну деревянную и одну каменную. 15 июня 1918 года священник Константин Желницкий сообщил Тобольскому епархиальному совету, что строительство храма в деревне Боровлянской идет успешно. Сруб храма был готов, и после закладки 12 июня в честь Честного и Животворящего Креста Господня началась активная работа. По договору с подрядчиком, стены храма должны были быть возведены до крестов к 15 августа. Комитет деревянной церкви был переизбран, и из него исключили иеромонаха Галактиона за разжигание вражды среди жителей. Архиепископ Тобольский и Сибирский Гермоген 18 августа подтвердил разрешение на строительство обеих церквей.

К концу 1918 года храм был завершен. Кресты подняли на полотенцах. Во время страннических походов крестьяне привезли из храмов Киева и Нового Иерусалима ковчег, сосуды и напрестольный покров. Много утвари поступило из Верхне-Алабужской церкви. Столяры изготовили деревянный иконостас с 26 иконами и 6 киотами. Прихожане познакомились с шадринскими иконописцами мастерской А.П. Кречетова, которые написали иконы Абалацкой Божией матери, Всех Скорбящих Радосте и Николая Чудотворца. Крестьяне также заказывали иконы в честь своих небесных покровителей, Иоанна Крестителя и великомученицы Феодосии.

Жители северной части села, которые поддерживали строительство кирпичного храма, собрали деньги и наняли бригаду, которая возвела стены высотой 4 метра 20 сантиметров. Однако средств на завершение строительства не хватило, и они решили построить временный молитвенный дом. Он оказался довольно скромным: длиной 12 метров, шириной около 3,5 метра и высотой 2 метра 10 сантиметров.

5 января 1919 года священники Василий Серебренников, Алексий Алексин и Петр Добронравов освятили новый молитвенный дом в честь Святителя и Чудотворца Николая. Жители северной части села дважды, в 1924 и 1925 годах, через своего представителя Ивана Степановича Кириллова обращались во ВЦИК с просьбой разрешить завершение строительства, но получили отказ. В 1928 году административный отдел Курганского окрисполкома решил разобрать недостроенное здание и использовать кирпич для строительства школ. Таким образом, надежды на строительство каменного храма рухнули. 27 августа 1940 года Крестовоздвиженская Никольская церковь была закрыта, а здание временно передали под склад «Заготзерно». Прихожане сохранили церковный хор, который в 1930-е годы насчитывал до 30 человек.

В 1982 году архитекторы из Свердловска оценили церковь в селе Боровлянке как редкий для Курганской области образец деревянной культовой постройки. Несмотря на позднее происхождение, она содержит традиционные для русского деревянного зодчества элементы. В 2005 году храм был внесен в список памятников истории и культуры Курганской области.