Входо-Иерусалимская церковь в Йошкар-Оле была возведена в 1754 году благодаря купцу Алексею Матвеевичу Карелину. Храм имел три престола: главный был освящен в честь Входа Господня в Иерусалим, правый придел, в честь Усекновения главы Иоанна Предтечи, а левый, в честь апостолов Петра и Павла. Церковь была известна своими святынями, среди которых особо почиталась икона явления Божией Матери преподобному Сергию Радонежскому. Эта икона пережила годы гонений и сейчас находится в Богородице-Сергиевой пустыни в Килемарском районе.

С 1886 года при храме работала богадельня, построенная на пожертвования, а в 1888 году она стала Богородице-Сергиевым женским монастырем. Входо-Иерусалимский храм на 33 года стал монастырским, при нем функционировала двухклассная школа, здание которой сохранилось до наших дней. Духовенство храма преподавало Закон Божий в церковно-приходской школе деревни Большая Ноля и в земских училищах деревень Большое Чигашево, Ноля-Вершинино и Ельняги.

В период гонений на веру приход Входо-Иерусалимской церкви испытал тяжелые времена. 11 сентября 1918 года священник Антоний Николаев был расстрелян по ложному обвинению в контрреволюционной деятельности. В 1921 году монастырь был закрыт, и церковь вновь стала приходской. В начале 1920-х годов духовенство, возможно, уклонялось в обновленчество, но вскоре вернулось к православию. В 1926-1928 годах строгую духовную жизнь прихожан поддерживал игумен Сергий Мытиков, бывший настоятель Мироносицкого монастыря.

8 января 1930 года Облисполком постановил закрыть храм и передать его имущество властям. Церковь была разрушена, а кирпич использован для гражданского строительства.

В 2012 году было решено восстановить храм на его историческом фундаменте на территории Богородице-Сергиевского монастыря. Архитекторы старались максимально точно воспроизвести облик разрушенной церкви. К настоящему времени стены храма почти завершены, и можно представить, каким он будет. 9 апреля 2016 года архиепископ Йошкар-Олинский и Марийский Иоанн, в присутствии Главы Республики Марий Эл Леонида Маркелова и членов Правительства, провел молебен с освящением новых колоколов. В Каменск-Уральске были отлиты и привезены в Йошкар-Олу 11 колоколов, самый крупный из которых весит более 3 тонн.