Храм был заложен 11 сентября 1793 года и завершён в 1795 году. Это была небольшая каменная церковь, посвящённая Входу Господню в Иерусалим, построенная на средства купца М. Сибирякова на Входо-Иерусалимском кладбище. К середине XIX века церковь сильно обветшала и частично разрушилась из-за землетрясения.

В 1835 году на её месте возвели новый храм, расположенный на самой высокой точке города. С его колокольни открывался вид на все иркутские храмы и монастыри. Проект новой церкви был разработан томским губернским архитектором А.П. Деевым. Строительство, начавшееся в 1820 году, шло медленно из-за повреждений: в 1823 году обрушился свод почти готовой церкви. Основные строительные работы завершились только в 1830 году, без внутренней отделки. Иконостас был выполнен по рисунку иркутского архитектора А. Васильева, а за внутренними работами велся тщательный надзор. В 1835 году Иркутская губернская строительная комиссия провела освидетельствование храма, который был освящён 25 июля 1835 года. Первоначально церковь имела один придел, а в 1890 году были добавлены ещё два с южной и северной сторон.

В советское время купола храма были снесены, здание перестроено и разделено на этажи. Сейчас храм восстанавливается приходской общиной и постепенно возвращает свой прежний вид. Построена девятиметровая колокольня. Служители церкви считают, что восстановление храма, это долг перед памятью похороненных на Иерусалимском кладбище.

Сегодня церковь представляет собой одноэтажное здание с общей кровлей для всех объёмов. Утрата венчающих частей храма и колокольни изменила его облик до неузнаваемости. Первоначальная композиция была выразительной благодаря контрасту массивного храма с восьмилотковым куполом и стройной ярусной колокольни. Архитектура церкви и её частей была необычна для Иркутска и отражала общерусское развитие классицизма. Фасад украшен строгим и лаконичным декором: оконные проёмы без наличников, украшенные только сандриками, простой антаблемент и колонные портики с трёх сторон, что характерно для зрелого классицизма.