К 2018 году церковь в деревне Лижма продолжает стоять на берегу Малой Лижемской Губы Онежского озера, почти у самого устья реки Лижма. Однако за годы бездуховности в Советском Союзе храм утратил свою прежнюю красоту, и до сих пор она не восстановлена. После 1917 года в стране началась систематическая борьба с религией: храмы сжигались, разрушались или превращались в клубы, склады, а в лучшем случае, в библиотеки и музеи. Никольская церковь в Лижме прошла через все эти изменения, и до сих пор в её стены врезаны большие складские двери, а к алтарю пристроено хозяйственное помещение.

Здание церкви деревянное, состоит из четырёх уровней: небольшой алтарь, высокое основное молельное помещение, трапезная и притвор, расположенные на разных уровнях. Все помещения, кроме алтаря, имеют независимые двускатные крыши, а алтарь покрыт крышей из пяти "лепестков". Церковь стоит на прочном каменном фундаменте, что было редкостью для деревянных церквей того времени. Возможно, именно благодаря этому фундаменту здание сохранилось до наших дней без серьёзных разрушений, что позволило использовать его для хозяйственных нужд.

Согласно данным Национального архива Карелии, предоставленным Ириной Петуховой, заместителем директора, строительство Лижемской церкви началось в 1855 году и завершилось в 1860 году. Церковь деревянная, с колокольней, освящена в честь Святителя и Чудотворца Николая. В ней три престола: главный, во имя Живоначальной Троицы, и два тёплых придела в честь Успения Божией Матери и Святителя Николая Архиепископа Мирликийского Чудотворца. В 1890 году священником в Лижемском приходе был Василий Иванович Плотников, родившийся в 1829 году. Никольской Лижемской церкви также принадлежал дом для священника и псаломщика, построенный на средства санкт-петербургского купца Василия Громова.