Храм находится на территории подворья Праведной Тавифы, которое управляется Русской духовной миссией Московского патриархата в Иерусалиме. Он освящён в честь праздника Поклонения честным веригам апостола Петра, а северный предел посвящён праведной Тавифе.

Строительство храма началось на участке, приобретённом в 1868 году с участием архимандрита Антонина (Капустина). До возведения церкви на этой земле был построен дом для православных паломников, прибывавших в Палестину через порт Яффа. Также здесь выкопали колодец и посадили плодовые деревья, такие как апельсины, лимоны, маслины, гранаты и смоквы, а также декоративные деревья, включая кипарисы, эвкалипты и сосны.

Строительство храма началось 6 октября 1888 года в присутствии великих князей Сергея и Павла Александровичей и великой княгини Елисаветы Федоровны. В проекте участвовали итальянские мастера и местные жители, а иконы для храма писал художник и критик А. З. Ледаков. В январе 1894 года церковь была освящена патриархом Иерусалимским Герасимом вместе с митрополитом Петром Аравийским, архиепископом Иорданским и архимандритом Антонином.

Проектирование церкви апостола Петра проходило с участием архимандрита Антонина, который ранее служил настоятелем посольских церквей в Афинах и Константинополе, где изучал греко-византийское зодчество. Это влияние заметно в архитектурных пропорциях храма.

К концу XX века храм и другие здания подворья пришли в упадок. Восстановительные работы начались в 1995 году и завершились к 2000 году под руководством игумена Пимена (Хараима), который оставался ключарём подворья до конца 2010 года.