В 1656 году у восточной алтарной стены Благовещенского собора на средства боярина Ивана Андреевича Милославского была возведена каменная церковь в честь Всемилостивого Спаса. Об этом свидетельствовала надпись на белокаменной плите в южной стене храма, указывающая, что Милославский построил церковь «своею казною надъ родителями своими и по своей душъ въчный поминокъ».

После Октябрьской революции 1917 года храм Всемилостивого Спаса разделил судьбу Благовещенского собора. С 1918 по 1923 год его арендовала община верующих Благовещенского собора. Весной 1922 года, под предлогом помощи голодающим Поволжья, изымались церковные ценности, и в усыпальнице бояр Милославских вскрыли две гробницы XVII века в поисках драгоценностей. Однако, кроме человеческих останков и кипарисовых икон, ничего не нашли, и гробницы закрыли. В 1923 году Спасский храм передали Киржачскому церковно-бытовому музею, а в 1924 году он был зарегистрирован в Музейном отделе Главнауки Наркомпроса РСФСР как памятник истории и архитектуры. С 1924 года в подклети Спасского храма размещалась часть музейной экспозиции, включающая картины, мебель, оружие, одежду, головные уборы, карету и другие вещи из усадеб киржачских помещиков, таких как князь И.Н. Вадбольский и граф Салтыков. Также выставлялись святцы, замки, посуда, швейки, монеты и прочее. Музей испытывал острую нехватку средств и не мог обеспечить сохранность экспонатов. Как и Благовещенский собор, Спасский храм в этот период не отапливался и не ремонтировался. После разорения в 1929 году киржачского музея храм оказался заброшенным. Летом 1930 года Киржачский Горсовет начал разрушение Спасского храма, но это незаконное действие было остановлено Главнаукой Наркомпроса РСФСР. В последующие десятилетия храм подвергся разграблению и разрушению. Из усыпальницы Милославских исчезли все каменные надгробия и белокаменная плита с именем строителя. В 1963-1964 годах храм Всемилостивого Спаса был отреставрирован вместе с Благовещенским собором. На него установили купол и крест, покрытые лемехом, и отремонтировали дверные и оконные проемы, но внутри ремонт не проводился. В 1983 году городские власти Киржача планировали использовать монастырские храмы для общественных нужд, устроив на первом этаже Спасского храма молодежный клуб, а на втором, игровые аппараты. Однако в 1990 году храм был передан Русской Православной Церкви. 1 июля 1990 года священник Стефан Бензюк провел в нем первую Божественную Литургию после долгого перерыва. В 2008 году была проведена внешняя реставрация храма, его покрасили в традиционные желто-белые цвета, а на колокольне обновили купол и крест.