История Спасской церкви берет свое начало в 1679 году, когда на берегу Селенги, в устье Итанцы, был основан Итанцинский острог на месте прежнего зимовья. В 1706 году рядом с острогом построили деревянную церковь Спаса Нерукотворного Образа, окруженную 12 дворами жителей. Однако вскоре она сгорела, но была восстановлена. К концу XVIII века церковь обветшала, и в долине Итанцы появилось много новых русских поселений. В марте 1787 года Иркутская духовная консистория издала указ о возведении новой каменной Спасской церкви в долине Итанцы, выбрав для нее место в Турунтаеве, а не в селе Острожное.

Закладка церкви в Турунтаеве состоялась 10 июня 1791 года по распоряжению Иркутской Духовной Консистории. Строительством руководил мастер Феодул Ежаков. Из-за бедности местных жителей процесс затянулся почти на 30 лет и завершился лишь в 1818 году. Ремонтные работы проводились в 1829 и 1913 годах. В храме было два престола: в главной «холодной» части во имя Нерукотворного образа Христа Спасителя и в «теплом» приделе в честь святителя Николая Мирликийского, освященном в 1800 году. Интерьер украшали иконостасы с резными деталями и позолотой, старинные иконы и церковная утварь из золота и серебра. Церковь также обладала богатой библиотекой.

В 1927 году храм был закрыт решением сельисполкома из-за невозможности его содержания и уплаты налогов. 18 марта 1939 года церковь частично разрушили и полностью разграбили, сожгли иконы, старинные книги и утварь. Верующим не позволили забрать ничего из церкви. С 1939 года здание использовалось как склад НКВД, а затем его передали райпотребсоюзу. В последние десятилетия оно не использовалось. В 1991 году исполком райсовета утвердил программу «Возрождение» для восстановления памятников истории и культуры Прибайкалья.

В 1995 году в Турунтаеве была воссоздана православная община, и 13 июня того же года зарегистрирован приход. 19 декабря 1999 года состоялось открытие и освящение придела во имя Святителя Николая, архиепископа Мир Ликийских. В апреле 2000 года начались реставрационные работы Спасской церкви в Турунтаеве.