Когда-то земли, на которых сейчас расположено село Рыбницы и окружающие деревни, принадлежали Ксении Ивановне Шестовой, матери первого царя из династии Романовых, Михаила Федоровича. В 1631 году Шестова передала эти земли московскому Новоспасскому монастырю, и именно тогда Рыбницы впервые упоминаются в письменных источниках. В начале XVIII века в Рыбницах была найдена икона Всемилостивого Спаса, после чего на живописном берегу Волги была построена Спасская церковь. Во второй половине XVIII века село принадлежало известному вельможе Екатерины II, генерал-поручику К.Е. Сиверсу. До середины XVIII века местные жители посещали храм в селе Бор-Голышкин, находившийся в трех верстах от Рыбниц. Весенние разливы Волги создавали множество неудобств, и жители обратились в Ярославскую духовную консисторию с просьбой о строительстве храма в Рыбницах. Разрешение на строительство было получено 10 августа 1722 года, после чего начались работы, и храм был освящен в 1759 году.

На этом же месте с 1789 по 1792 год на средства крестьянина Кирилла Михайловича Кускова был построен каменный храм, к которому присоединились приходы из четырех деревень: Уткино, Свечкино, Тюмба и Овсяники. Рядом с храмом возвышалась четырехъярусная колокольня в классическом стиле. В церкви было три престола: главный, во имя Всемилостивого Спаса Нерукотворного образа, на южной стороне, во имя Святителя и Чудотворца Николая, на северной, во имя Кирилла Новоезерского. Мастера-лепщики, украшавшие столичные храмы, не забыли и о Рыбницкой церкви, украсив ее изысканной лепниной. Капители колонн первого яруса, выполненные в коринфском стиле, стали настоящим украшением этого величественного сооружения. С 1890 года церковным старостой был Константин Михайлович, брат скульптора А.М. Опекушина. В 1896 году по его инициативе на паперти был установлен киот с двумя иконами, которые были освящены 16 августа 1896 года, в день храмового праздника.

С увеличением числа прихожан потребовалось расширение церкви. Староста пригласил архитектора В.И. Шишкина, который предложил объединить летний и зимний храмы. Смета составила 5000 рублей, половину из которых внес сам староста. 16 августа 1897 года обновленный храм был освящен. В этой церкви крестили юного Александра Михайловича Опекушина, а в 1923 году здесь же его отпевали. Великий скульптор был похоронен на семейном участке церковного погоста. Долгие годы его могила оставалась заброшенной, и только в 1972 году на ней появилось скромное гранитное надгробие с надписью: "Скульптор академик Опекушин Александр Михайлович". Надгробие было выполнено по проекту архитектора Б.В. Бухты. За ним находится могила его отца Михаила Евдокимовича с остатками кирпичной кладки, на которой стоял бронзовый бюст, выполненный его сыном. Сейчас бюст хранится в Ярославском художественном музее. Сам Константин Михайлович похоронен здесь же.

Церковь была закрыта в 1961 году. Со временем от ее былой красоты и величия не осталось и следа. В 1993 году церковь была возвращена верующим и медленно реставрируется.