Первая церковь в слободе Усть-Суерской была возведена в начале 1690-х годов. В ней, вероятно, был один престол, посвященный Святителю Николаю Чудотворцу. Это деревянное здание просуществовало около 30 лет, пока не было уничтожено пожаром.

В 1733 году в слободе построили новую деревянную церковь, также с одним престолом во имя Святителя Николая. Она располагалась у реки Тобол, на месте будущей деревни Климова. В 1761 году, из-за весенних паводков, церковь перенесли на более возвышенное место с разрешения митрополита Павла, и туда же переместили слободу.

Согласно описанию 1770 года, Николаевская церковь была окружена деревянной крепостью, но это не уберегло ее от разграбления пугачевцами в 1774 году, которые уничтожили церковные архивы. Впоследствии храм ветшал, и к концу XVIII века его заменили новым каменным зданием, судьба старого осталась неизвестной.

Благословение на строительство каменной церкви в Усть-Суерской слободе было получено 26 мая 1780 года от епископа Варлаама. Церковь строилась на средства прихожан и пожертвования благотворителей, и была завершена в 1804 году. В ней было два престола: нижний, теплый, освятили в 1800 году в честь Святителя Николая, а верхний, холодный, в 1805 году в честь Преподобного Савватия Соловецкого. Здание было двухэтажным с двухъярусной колокольней, увенчанной пятью главами, покрытыми железом и окрашенными в зеленый цвет.

В 1841-1842 годах, с разрешения архиепископа Афанасия, в нижней церкви установили новый золоченый иконостас, часть средств на который поступила из церковных фондов. Работу выполнил тобольский мещанин Фульвиан Пленин. В 1905 году в верхнем приделе провели ремонт и установили новый иконостас, а 3 мая 1909 года его заново освятили. Старый иконостас передали в строящийся храм деревни Стенниковой.

В 1911 году после осмотра архитектором Кокоттом выяснилось, что храм нуждается в капитальном ремонте. Работы, разрешенные указом Тобольской духовной консистории, завершились в декабре 1912 года. Были улучшены вентиляция и дымоходы, заменены крыши, главы и кресты. 5 августа 1919 года верхний этаж храма пострадал от снаряда, что сделало его непригодным для богослужений.

К 1935 году на колокольне было 6 колоколов, звон которых запретили в декабре 1934 года. К началу 1935 года службы в храме прекратились из-за планируемого ремонта. Прихожане молились в сторожке, а в 1936 году храм официально закрыли.

К 1945 году здание использовалось как склад зерна. К 1954 году западное крыльцо и сторожка были уничтожены, но само здание оставалось в хорошем состоянии. В период с 1954 по 1993 год храм служил зерновым складом, спортивным залом и сельским Домом культуры.

В 2007 году начался ремонт храма на средства благотворителей. Установили новую железную крышу, отремонтировали фасады, а 2 октября 2009 года освятили и установили новые золоченые купола и кресты. В настоящее время восстановление храма продолжается.