Село Бакланское находится в 25 верстах к юго-востоку от города Шадринска, на левом берегу реки Миасс. Оно расположено на возвышенности, окруженной с юга рекой Миасс, а с севера, востока и запада, речкой Бакланкой, что придает местности вид острова. Вверх по течению Миасса расположена деревня Долгая, а ниже, деревни Одина и Журавлева. Вблизи села находятся деревни Барсукова, Плотникова и Бобылева.

Село Бакланское возникло из деревни с тем же названием, получившей его от речки Бакланки. Деревня существовала еще в конце XVII века. После строительства церкви во имя святого Великомученика Георгия в 1724 году деревня на 13 лет стала называться селом Георгиевским. Однако 24 мая 1737 года ей вернули прежнее название, Бакланское.

До появления нынешнего шестипрестольного храма в селе сначала была деревянная часовня, затем за сто лет сменилось три деревянных церкви. Часовня, построенная в 1713 году во имя святого Николая, просуществовала восемь лет. В 1724 году вместо нее была построена первая деревянная церковь, которая сгорела в феврале 1725 года. На ее месте возвели вторую деревянную церковь, которая через 70 лет пришла в ветхость. В 1796-1798 годах была построена третья церковь с главным престолом в честь Рождества Пресвятой Богородицы и придельным, во имя великомученика Георгия.

В 1815 году, согласно указу Святейшего Синода о строительстве каменных церквей, в селе была заложена каменная двухэтажная церковь. Строительство завершилось в 1826 году, и в нижней теплой церкви освятили престол во имя великомученика Георгия.

Верхняя холодная церковь была освящена во имя Рождества Пресвятой Богородицы 4 июля 1835 года. Деревянную церковь в 1835 году продали в село Погадайское, где она существовала до революции. В 1857 году началось строительство боковых каменных приделов, завершившееся в 1860 году.

С 1860 года Бакланский храм стал шестипрестольным: три престола в нижнем этаже и три в верхнем. Иконостасы в приделах устанавливали в разное время: сначала в нижнем этаже, затем в верхнем. В это же время заменили старый иконостас в главной Георгиевской церкви на новый.

Первым освятили иконостас Георгиевского придела. Правый придел первого этажа освятили во имя святителя Митрофания Воронежского 18 октября 1864 года, а левый, во имя бессеребряников и Чудотворцев Космы и Дамиана и святого Симеона Верхотурского 26 ноября 1865 года. Правый придел верхнего этажа освятили в честь Входа Господня во Иерусалим 4 июля 1878 года, а левый, во имя преподобного Сергия Радонежского 9 октября 1895 года.

В деревнях Долгой и Бобылевой существовали деревянные часовни. Помимо обычных крестных ходов, были два особых. Первый проходил 23 апреля после Литургии к речке Бакланке, где находился крестик, установленный в полверсте от храма, на месте явления святого великомученика Георгия, защитившего жителей от татар. Второй крестный ход проходил 24 июня по селу Бакланскому, установленный в 1891 году в честь прекращения пожара 10 мая того же года.

В 1915 году в храме служил священник Иоанн Снегирев, награжденный наперстным крестом и орденом святой Анны 3 степени. Вторым священником был Емелиан Клековкин, а диаконом, Владимир Беляев.

28 января 1938 года церковь была закрыта решением Челябинского облисполкома, а в сентябре того же года в ее нижнем этаже открыли школу-семилетку.

По рассказам старожилов, росписи первого этажа были уничтожены, а второй этаж закрыт. Школьникам запрещалось подниматься наверх, но иногда они все же проникали туда и видели красивые храмовые росписи. После закрытия школы в 1962 году в храме разместили зерносклад.

В 2006 году начались восстановительные работы. За последнее время восстановлена кровля над центральными приделами и застеклены окна. Боковые приделы остаются открытыми ветрам. Над правыми приделами установлена временная кровля, но окон нет. В правых приделах с первого этажа до крыши второго этажа выросли деревья. Левые приделы сохранили только стены, росписи которых размывают дожди. В разбитых стенах обитают голуби.

Храм является памятником культуры федерального значения и охраняется государством.