В XVI-XVII веках на этом месте располагался Рождественский женский монастырь, который был закрыт в 1764 году. Первое упоминание о деревянной шатровой церкви встречается в сотной грамоте 1620 года. Её построил священник Алексей, известный также как Список. В писцовой книге 1674-1676 годов упоминается еще не освящённый каменный храм монастыря. Первым покровителем и попечителем этого храма, возведённого на монастырской земле, стал протопоп Московского Успенского собора Кондрат Ильин.

После закрытия храма в 1937 году в его здании разместились склады Балахнинского городского торга, которые были переведены оттуда осенью 1988 года. Возрождение началось в 1989 году, когда возобновились богослужения и стартовали работы по восстановлению и благоустройству церкви.

Храм является соборным, и его настоятели возглавляют Балахнинское благочиние. Здесь действует воскресная школа, где также обучаются дети из прихода Свято-Троицкой церкви. С августа 2010 года ежемесячно выпускается газета «Православный вестник».

Храм имеет пять глав и выполнен в форме большого куба. Изначально главы были покрыты блестящей зеленой черепицей, но при восстановлении сохранить её не удалось. Четыре главы основного здания покрыты медью, а центральная и на приделах, кровельным железом.

Два придела, также выполненные в форме простых кубов, пристроены сбоку к основному объему храма.

В полукруглых углублениях над арками сохранились фрески с изображениями двунадесятых праздников, а на солее и в центральном алтаре пол выложен гладкими разноцветными изразцами. В основной части храма сохранились литые чугунные напольные плиты XVIII века.

Колокольня, построенная вместе с церковью в середине XVII века, была разобрана в 1931 году. В 2011 году была возведена новая звонница.