Село Чернавское было основано в 1752 году и располагалось на торговом пути из Кургана в станицу Звериноголовскую, на берегу речки Верхне-Черной.

11 июля 1852 года священники Викентий Баженов и представитель Пресногорьковской Станицы сообщили о закладке новой каменной церкви на месте сгоревшей 8 июля. Церковь была посвящена святым Прокопию и Иоанну Устюжским, с приделом в честь святых Афанасия и Кирилла Патриарха. Строительство велось по плану, утвержденному в 1851 году с благословения покойного архиепископа Георгия.

Церковь строил крестьянин Илья Васильевич Варапаев. В расписке, написанной его сыновьями, говорится, что строительство завершилось в соответствии с условиями контракта, и деньги были получены после его смерти 18 декабря 1859 года. Церковь была построена усилиями прихожан. Она была каменной, с колокольней, обшита железом и окружена железной оградой. Внутри находились два престола: Прокопия и Иоанна Устюжских и Афанасия и Кирилла Александрийских.

Первым священником стал Викентий Иоаннович Баженов, который после окончания курса в Тобольской семинарии был произведен в дьяконы, а затем в 1834 году в священники. В 1862 году он был награжден наперсным крестом на Владимирской ленте за участие в войне 1853-1856 годов.

Храм был возведен в честь святого Прокопия Устюжского и святителя Афанасия Александрийского, что было редкостью для Зауралья и Сибири. Московский Собор 1547 года причислил Прокопия к лику святых. Основатели села Чернавского были родом с русского Севера, где находится Великий Устюг, и знали о святом Прокопии, в честь которого и построили храм.

Церковь была освящена в 1857 году и функционировала до 1933 года, когда большевики закрыли её. Некоторое время здание использовалось как зернохранилище, а затем оставалось в запустении. Попытки разрушить церковь для использования кирпича были частично успешными, пострадала только часть колокольни. В таком состоянии церковь находилась до 2003 года.

Иконостас церкви расписали художники Ирина и Анатолий Русаковы. В отличие от традиционного пятирядного, в Чернавском храме он четырехрядный. Верхний ряд содержит ветхозаветных пророков, далее следует деисусный ряд с Богоматерью и святыми, затем праздничный ряд с иконами «Рождество», «Сретенье», «Троица» и местный ряд с иконами святых, в честь которых названы храмы.

Сегодня церковь в Чернавском, это светлое здание с изумрудными куполами и дореволюционным крестом. Еще пять лет назад она была полуразрушена, без крыши и окон, но благодаря усилиям настоятеля Павла Балина и прихожан церковь была восстановлена. Уже три года здесь проходят регулярные службы.

2 мая 2010 года, в неделю пятую по Пасхе и в день памяти святой Матроны Московской, состоялось долгожданное освящение храма в честь святого Прокопия Устюжского. Чин великого освящения возглавил архиепископ Курганский и Шадринский Константин.