Собор, возведенный в 1783-1785 годах, имел овальную форму, что придавало ему цельность и напоминало раннехристианские храмы, включая Софийский собор в Константинополе. Внутреннее убранство Спасо-Преображенского собора с колоннадой, поддерживающей хор верхнего яруса, также усиливало это сходство. Позже колонны заменили на консоли.

Спасо-Преображенский собор имел два престола: верхний, посвященный Преображению Господню, и нижний, в память о воскрешении Лазаря. Платон объяснял, что между воскресением и преображением существует таинственная связь, которая нашла отражение в объединении двух престолов и в необычном убранстве собора.

Престол нижнего храма, посвященный воскрешению Лазаря, находился в алтаре, стена которого выглядела как искусственная пещера, символизируя место погребения Лазаря. Над пещерой возвышалась гора Фавор, украшенная мхом, цветами и фигурками животных, а на её вершине располагался алтарь верхнего храма в честь Преображения Господня.

Необычное устройство собора помогало верующим представить связь двух событий Нового Завета. Император Павел I, посетив Троице-Сергиеву Лавру и Вифанию, вскоре подписал указ об учреждении в Вифании монастыря, которому были пожалованы земли и доходы. В XIX веке облик собора изменился из-за пристроек, появились новые колокольня, стены и башни.

После смерти митрополита Платона скит стал небольшой обителью, связанной с Вифанской семинарией. В 1860-х годах на средства жертвователей был построен новый собор, в котором освятили несколько престолов. В 1893 году построили гостиницу, а в начале XX века монастырь владел землями и кирпичным заводом.

В 1918 году монастырь преобразовали в сельхозартель, а в 1925 году закрыли. В 1998 году началось восстановление храма Сошествия Святого Духа, и в 1999 году была отслужена первая литургия. В 2000-х годах продолжались строительные работы, и в 2007 году началось восстановление Преображенского собора. В 2011 году завершилось строительство собора и колокольни, и был установлен большой резной крест в память о братии и благотворителях.