Согласно Книге Достопамятностей Воскресенского собора, строительство Преображенской церкви велось с 1798 по 1804 год, что подтверждается и другими источниками. В «Топографических описаниях» 1797 года упоминается деревянная церковь Преображения Господня, а в «Топографических описаниях Ярославской губернии» 1803 года говорится о новой каменной приходской церкви во имя Преображения Господня с двумя приделами: Казанской Пресвятой Богородицы и Иоанна Милостивого. Интересно, что в «Сведениях о монастырях и храмах Ярославской епархии» 1908 года датой строительства указано 1806 год.

Церковь имела типичную для своего времени продольно-осевую композицию. Над высоким четвериком возвышались пять глав на граненых барабанах. Северный и южный фасады летнего храма украшали классические портики с треугольными фронтонами. Поставленная на возвышенности, Преображенская церковь играла ключевую роль в организации городской среды, выступая вертикальной доминантой северной части города.

Рядом с церковью находилась часовня, построенная на месте алтаря старого храма Преображения, который был возведен в 1681 году и разобран в конце 1790-х из-за ветхости.

До 1840 года, как отмечено в Книге Достопамятностей, Преображенская церковь не имела печей, и в нее ходили преимущественно девушки, из-за чего ее называли девичьей церковью. Богослужения проходили редко, в основном по воскресеньям, и церковь находилась под управлением Воскресенского собора.

В июне 1895 года, во время городского пожара, Преображенская церковь сильно пострадала. В Книге Достопамятностей описано, что особенно пострадала внешняя часть: все пять глав и крыши обгорели, а с колокольни главы упали. В результате трапезная и придельная части церкви понесли ущерб, но престолы, жертвенники и церковная утварь были спасены. Храм Преображения был разрушен в 1957 году.

На месте бывшей обители и села 9 октября 2008 года был установлен памятный крест.