В 1727 году епархиальные власти распорядились построить каменную церковь в Усть-Суерской слободе и деревянную в деревне Шмаковой. Между 1727 и 1743 годами была возведена деревянная Покровская церковь, которая сгорела в конце 1749 или начале 1750 года. В 1751 году была построена новая деревянная церковь с одним престолом. Со временем здание обветшало, и 23 февраля 1827 года были утверждены план и фасад нового каменного храма. В нем решили устроить два престола: в главной холодной церкви, в честь Покрова Пресвятой Богородицы, а в теплом зимнем приделе, в честь Вознесения Господня. Храм заложили 15 августа 1827 года. Богослужения в теплом Вознесенском приделе начались в 1833 году, а главный престол в холодной Покровской церкви освятили только в 1835 году из-за неготовности иконостаса. К 1850 году храм окружили кирпичной оградой с деревянными решетками, на западных углах которой построили каменные училище и лавку для продажи свечей. В 1865 и 1868 годах ограда пострадала от весенних разливов реки Суери.

В храме находилась икона Божией Матери «Достойно есть», привезенная из Афонского Андреевского скита по инициативе настоятеля протоиерея Григория Рещикова с разрешения епархиальных властей. Образ освятили в 1892 году на Святой горе Афон, вложив в него частицы мощей Святого Великомученика Пантелеимона и Преподобного Иоанна Кукузеля по благословению епископа Тобольского и Сибирского Иустина. Ежегодно 11 июня по старому стилю проводился крестный ход с иконой вокруг села и по дворам прихожан. В 2003 году Елизавета Андреевна Рухлова, последняя из членов общины, передала образ в Успенский храм поселка Варгаши.

Во время восстания 1921 года местные члены Союза молодежи были заперты в колокольне, которую затем подожгли. В 1922 году власти изъяли из Шмаковской церкви серебряную ризу с одного из образов, простреленную пулями. В 1925 году в храме находились два деревянных иконостаса с 15 иконами, а на колокольне было 6 колоколов. Их звон запретили постановлением президиума Белозерского райисполкома 7 декабря 1934 года, но церковь продолжала действовать, при ней был священник.

В 1938 году решениями собраний жителей Шмаковского и Шастовского сельсоветов церковь закрыли и стали использовать для хранения зерна, а к 1945 году одну её половину переоборудовали под клуб. К 1958 году здание стало непригодным даже для склада: штукатурка осыпалась, стены выветривались, железная кровля обветшала, перекрытие центрального купола дало трещину и частично обрушилось. В 1959 году Курганский облисполком решил разобрать здание церкви на стройматериалы, но это решение не было выполнено. В 2008 году здание включили в список объектов культурного наследия Курганской области.

Приход Покрова Пресвятой Богородицы села Шмакова Варгашинского района зарегистрировали 18 марта 1996 года. В конце 1990-х годов члены общины собирались для молитвы в частном доме, затем в приспособленном помещении. Однако со смертью стариков община уменьшалась, и в 2007 году Покровский приход официально прекратил свою деятельность как юридическое лицо.