Первая церковь в селе Чернокоровское, расположенном в Камышловском уезде Пермской губернии, ныне Богдановичского района Свердловской области, была заложена 29 июня 1800 года. Храм был деревянным, с главным престолом во имя апостолов Петра и Павла и боковым приделом в честь святителя Николая Чудотворца. На колокольне висело пять колоколов, самый крупный из которых весил 27 пудов.

Со временем деревянная церковь обветшала, и жители решили построить новую каменную церковь на свои средства. Закладка состоялась 18 августа 1838 года. 18 марта 1843 года пожар уничтожил старый деревянный храм, но к тому времени новая церковь уже имела своды и была покрыта тесом. Придел в честь Николая Чудотворца освятили 8 января 1844 года, а 29 июня 1855 года был освящен главный придел во имя святых апостолов Петра и Павла, вместе с новым позолоченным иконостасом. Жители планировали устроить еще один придел в честь святителя Митрофана, но эти планы не были реализованы, и церковь осталась двухпрестольной.

В 1881 году прихожане собрали средства на строительство ограды из мраморных столбов с железными решетками. Также были позолочены три креста и яблоки на церковных главах. В 1883 году пожар уничтожил дом священника, после чего он поселился в здании сельского общества на церковной земле, а псаломщик жил в церковном доме, который был отремонтирован в 1901 году на средства прихожан.

В 1888 году в селе начало действовать церковно-приходское попечительство, куда поступали пожертвования на благотворительность. К 1903 году церковь представляла собой одноэтажное каменное здание с колокольней и оградой, находившиеся в хорошем состоянии. Церкви принадлежали несколько деревянных лавок и амбар, а также три десятины усадебной земли, 9 десятин сенокоса и 90 десятин пашни, которые использовались, но не были документально закреплены.

В приход Чернокоровского входили деревни Раскатиха и Паршина, всего насчитывалось 2440 прихожан. В деревне Паршина с 1883 года действовала деревянная Николаевская часовня. После революции 1917 года и принятия декрета об отделении церкви от государства в 1918 году началось изъятие церковных ценностей. 1 июня 1922 года из Петро-Павловской церкви было отправлено 10 фунтов 8 золотников серебра на переплавку.

С 1928 года, после снятия колоколов, храм использовали как дом культуры, а затем для колхозных нужд. Воспоминания старожилов свидетельствуют, что храм был в хорошем состоянии, но с 1980-х годов начались изменения. На месте церковного кладбища построили животноводческий комплекс, а в храме разместили кормоцех. Храм пострадал от перестроек: алтарь использовался для въезда тракторов, колокольню уменьшили и установили на ней прожектор. Были заложены окна, пробиты стены, убран пол, установлено оборудование. Из-за температурных изменений начала разрушаться роспись и кирпич. Осквернение продолжалось до середины 1990-х годов.

В 2007 году были установлены новые окна и двери, проведены кровельные работы. К концу года завершили реставрацию купола над главным приделом. В феврале 2008 года состоялся Крестный ход, завершившийся установкой креста на куполе. Летом начались наружные работы: штукатурка и покраска центрального придела, восстановление крыши над Свято-Николаевским приделом и алтаря. В ноябре 2008 года работы завершились установкой креста на алтарную часть.