Дата основания церкви остаётся неизвестной. Трудно определить первое упоминание из-за близости других церквей: Николая Чудотворца на Верхнем Долу и придела Николая Чудотворца в Горнем монастыре. В средневековой Вологде на Ленивой площадке находилось несколько церквей в непосредственной близости друг от друга.

Н. В. Фалин, ссылаясь на сотную грамоту 1627 года, предполагает, что на месте нынешней церкви Николая «Золотые Кресты» могли быть «церковь Николы Чудотворца и другая церковь Ивана Златоустаго».

Название «Золотые Кресты» закрепилось за церковью в XVIII веке. В 1701 году она ещё упоминалась как «Николая Чюдотворца на горе». Первоначально так называли Успенский собор Горнего монастыря. В 1782 году в сообщении Городского магистрата Николаевская церковь названа «у Золотых Крестов». После пожара 1761 года, когда своды и главы Успенского собора были повреждены и утратили позолоту, название перешло к Никольской церкви, которая стала известна как Никола на Горе, «Золотые Кресты». В книге И. К. Степановского 1890 года церковь упоминается как «Никол. у Золотых крестов». Храм был закрыт в 1930 году, позже использовался как общежитие, автомастерская и гаражи ДОСААФ. К 2011 году церковь пустовала, интерьеры были уничтожены, окна выбиты, глава и завершение колокольни разрушены, колокола сняты, кровля разрушается.

Кирпичный двухэтажный храм состоит из высокого стройного четверика, короткой трапезной и колокольни. Верхний храм двусветный, с богатыми наличниками в форме петушиных гребней на втором ярусе и более простыми треугольными фронтончиками на третьем ярусе, которые, вероятно, были сбиты во время перестройки XIX века. Четырёхскатная кровля покрывает один ряд небольших кокошников. Главка одна, хотя предполагается, что изначально их могло быть пять. Колокольня в стиле классицизма построена в первой трети XIX века. Первые два яруса колокольни имеют форму четвериков, с необычным оформлением второго яруса: в центре каждой боковой стены находится ниша, окружённая лучеобразной рустовкой, с вазой внутри. Ярус звона цилиндрический, украшенный спаренными колоннами тосканского ордера по углам четверика.

В храме, помимо главного престола Николая Чудотворца, были освящены Трёхсвятский, Всехсвятский, Введенский и Кирилло-Новоезерский приделы. Алтарная часть двухапсидная, что нехарактерно для русской архитектуры в целом, но распространено в вологодской.

Петербургский искусствовед и архитектурный критик Г. К. Лукомский в начале XX века описывал интерьеры храма так: «Над входом в церковь находится старинная икона в серебряном окладе. Иконостас хорош, состоит из двух полукружий. В верхней церкви прелестный иконостас с колонками и высокими фронтончиками. Однако все фрески в церкви ужасны. Паникадило прекрасное, не старинное, но отличного рисунка».