Церковь Святителя Николая Чудотворца в Звонарях, существующая и поныне, была возведена в 1762 году под руководством известного московского архитектора Карла Бланка. Этот мастер барокко и раннего классицизма оставил москвичам множество архитектурных шедевров, среди которых немало православных храмов, хотя не все из них сохранились до наших дней.

Карл Иванович проживал на Рождественке, предположительно на территории, принадлежавшей графу И.И. Воронцову, который и стал инициатором строительства церкви в Звонарях. Однако храм на этом месте существовал задолго до XVIII века. Ранее здесь находился "Убогий дом" для захоронения людей без родных, умерших на улице, и при нём стояла деревянная Никольская церковь, известная как Никола Божедомский. Со временем, когда "убогие дома" перенесли на окраины, церковь стала приходской для Звонарской слободы, получив название "Никола в Звонарях". Звонари кремлевских колоколен и церковные сторожа облюбовали высокий левый берег реки Неглинки неподалеку от Рождественского монастыря.

Церковь неоднократно горела и восстанавливалась, а в 1657 году была отстроена в камне. Спустя столетие её решили перестроить, и тогда появилась нынешняя церковь Святителя Николая Чудотворца в Звонарях. Она выполнена в стиле барокко с элементами классицизма и включает двухпридельный храм с главным Благовещенским престолом и приделом во имя Николая Чудотворца, а также более позднюю двухпридельную трапезную и колокольню. На вытянутом четверике возвышается изящный восьмерик с небольшой луковичной главкой. Храм украшен белым камнем, пышными капителями и крупными наличниками с изображениями серафимов.

Во время Отечественной войны 1812 года здание пострадало, и были перестроены каменная ограда и два крыльца. В это время церковь получила новую трапезную и колокольню в классическом стиле.

В 1933 году храм закрыли, и сначала он использовался как склад, а позже здесь разместилась кафедра рисунка Московского архитектурного института. В 1994 году церковь вернули верующим, начались работы по её восстановлению и реставрации. Тогда же патриарх Алексий II принял решение о создании подворья Пюхтецкого монастыря в Москве, и церковь в Звонарях была выбрана для этой цели.

Интересна история иконы Божией Матери "Взыскание погибших", которая чудом сохранилась благодаря пожилой прихожанке, передавшей её в Пюхтицкий женский монастырь близ Таллина. После учреждения подворья Успенского Пюхтицкого женского монастыря икона с почестями вернулась в церковь Николы в Звонарях.