Никольский храм в городе был одним из первых и упоминается в дозорной книге вятского воеводы князя Звенигородского в 1615 году. Первоначально он находился на площади, но к 1629 году церковь уже не использовалась для богослужений, так как была деревянной, ветхой и пустой.

Каменный храм построили в 1732 году. На брусе за иконостасом холодного храма была надпись, свидетельствующая, что церковь освящена 9 июля 1732 года по благословению архиепископа Алексия Вятского и Великопермского, в царствование императрицы Анны Иоановны. Подобная надпись была и на деревянном кресте в алтаре теплого храма. Церковь имела два престола. Второй престол, посвященный Рождеству Иоанна Предтечи, освятили в 1740 году преосвященным Вениамином.

14 марта 1742 года пожар уничтожил почти весь Слободской, включая Никольский храм, старую деревянную церковь и колокольню. После этого храм восстановили.

В 1894 году церковь перестроили по проекту архитектора И.А. Чарушина. Работы финансировал купец Петр Гаврилович Ончуков, но он скончался вскоре после выхода указа о перестройке. Его сын Михаил Петрович завершил дело отца. Перестройка, включая внутреннюю отделку, длилась с 15 марта 1894 года до июня 1896 года. Храм стал трехпрестольным, третий престол посвятили Архистратигу Михаилу и святому князю Александру Невскому.

Храм поражал великолепием. В новых приделах установили мраморные иконостасы, иконы писались на сусальном золоте, а окна украшали цветные стекла. Среди почитаемых икон были иконы святого Николая, Иоанна Предтечи и икона святых мучеников Гурия, Самона и Авива, перед которой часто служили молебны. Все иконы были древнего письма.

Хор Никольского храма пользовался большой популярностью, его созданием занимался Михаил Петрович Ончуков. Перед революцией хором руководил А.Ф. Антонов, и в пределах Вятской епархии он считался лучшим. В репертуаре были произведения Рахманинова, Варгина и других композиторов.

В 30-х годах храм закрыли, колокольню, крыльцо и купола разрушили. С 1932 года в здании размещается спортивная школа.

Первое богослужение после долгого перерыва состоялось 28 июля 2013 года в день Крещения Руси.