Церковь, расположенная на восточной окраине Киржача, на кладбище, была построена в 1846 году в стиле позднего классицизма. Она возведена из кирпича на известковом растворе. Основателем церкви считается Калмыков, владелец кирпичного завода в деревне Корытово. Храм представляет собой двусветный четверик с ротондой, небольшой трапезной и трёхъярусной колокольней со шпилем. Он привлекает своей простотой и намоленностью, в нем ощущается дух старины и предков. Первое упоминание о церкви датируется 1562 годом, когда на погосте за болотом возникло селение с деревянной церковью святого Николая Чудотворца, построенной от монастыря. В 1662 году здесь находились двор попа Евтихея с сыном, двор пономаря, 19 келий для нищих, а также двор слуги Ивана Шешкова.

В 1735 году священник Никольского погоста попросил перенести церковь в подмонастырскую слободу Киржачского монастыря, ссылаясь на опасность от воров. В 1736 году был дан указ о переносе храма ближе к городу, но по неизвестным причинам церковь осталась на прежнем месте. В 1846 году вместо деревянной церкви был построен существующий ныне каменный храм с тремя престолами: холодный в честь Святителя Николая Чудотворца и теплые в честь преподобного Сергия Радонежского и святого великомученика Георгия.

После 1917 года настоятелем Никольского храма стал диакон Благовещенского собора Киржача Василий Евгеньевич Молчанов. 14 июня 1934 года президиум Ивановского облисполкома утвердил постановление о прекращении колокольного звона в кладбищенской церкви Киржача. 2 сентября 1937 года священник Василий Молчанов был арестован по ложному обвинению в участии в контрреволюционной группе и антисоветской агитации. После его ареста храм в Заболотье был закрыт.

В 1946 году храм снова открыли, и с тех пор в нем регулярно проводятся богослужения. В 50-х годах прошлого века это был единственный действующий храм в Киржаче и его округе. На праздники в храм приходило так много людей, что они не умещались внутри. Тогда было принято решение разобрать один алтарь в зимней части, и разобрали алтарь в честь великомученика Георгия Победоносца.