Ботьма, предположительно, возникла во второй половине XVI века и отличалась от соседних русских поселений по национальности и социальному статусу. Каменная Никольская церковь была построена в 1907 году, а службы в ней начались в 1910 году. Храм, обладавший красивыми архитектурными формами и декоративными элементами, был закрыт в 1941 году и взорван в 1955 году перед созданием Куйбышевского водохранилища. В период с 1952 по 1955 год большая часть жителей Ботьмы переселилась из зоны затопления на возвышенное место.

В августе 2014 года в рамках второй подводной экспедиции в Ульяновской области было проведено обследование акватории Куйбышевского водохранилища на месте затопленного села, однако остатки фундамента Никольской церкви обнаружить не удалось. В феврале 2015 года с помощью специального робота и видеокамеры участники историко-географической экспедиции нашли хорошо сохранившийся фундамент храма.

Несмотря на значительные размеры и численность населения, Ботьма долгое время оставалась деревней. В 1907 году была построена каменная церковь на 500 человек, и в 1910 году был открыт приход. Обычно сначала возводили деревянный храм, а затем, накопив средства или из-за ветхости старого, строили кирпичный. Ботьма стала селом, но всего лишь на полвека. Одной из причин отсутствия церкви долгое время было то, что поселение не являлось помещичьим, и сельчане могли рассчитывать только на свои силы и средства.

Новый храм имел один престол во имя Святого Николая Чудотворца. В церковной ведомости отмечалась бедность утвари. Однако в 1910 году прихожане построили деревянные дома для священнослужителей, церковнослужителей, сторожей и просфорни. Ближайшая церковь находилась в селе Архангельское, в 4,3 км.

В 1897 году в Ботьме была открыта земская школа, а в соседней Ерзовке в 1901 году, церковно-приходская. Эта деревня в 1914 году вошла в новообразованный приход, где находилась часовня. С 1908 года должность церковного старосты исполнял крестьянин Сергей Митюгин.

Единственное упоминание о Никольском храме в официальных документах содержится в протоколе № 20 исполкома Чердаклинского района от 14 августа 1941 года. В нем говорится о закрытии церкви в селе Ботьма, поскольку за последние 5-6 лет она разрушалась, а бывший церковный совет частично выбыл из пределов сельсовета. Оставшиеся члены совета отказались от уплаты арендной платы и просили передать церковь в распоряжение сельсовета. На собрании граждан 5 августа 1941 года было принято решение о закрытии церкви. Исполком Райсовета депутатов трудящихся утвердил это решение.

По аналогии с судьбой Михайло-Архангельского храма в селе Архангельское можно утверждать, что Никольскую церковь взорвали перед затоплением в 1955 году, хотя ей было всего 47 лет, и она могла бы простоять ещё несколько веков.