Согласно преданию, место, где сейчас стоит Никольский храм на Селивановой горе, первым посетил преподобный Сергий Радонежский. Однако первое письменное упоминание о храме встречается лишь в Писцовых книгах 1562 года. В них говорится, что на Селивановой горе, помимо монастырского двора, находились 22 крестьянских двора и 20 келий, где жили старцы и нищие. В то время здесь стояла деревянная церковь, которую в 1764 году московский купец Тит Петров заменил на каменный храм с колокольней и двумя приделами в честь святителя Николая и преподобного Сергия Радонежского. В конце XIX века, после расширения трапезной, был освящён придел в честь Покрова Пресвятой Богородицы.

Среди икон особо почиталась Иоасафовская икона Божией Матери, которая, по некоторым данным, была списком с образа, принадлежавшего либо Патриарху Иоасафу I, либо митрополиту Иоасафу. Храм был окружён оградой, а с 1851 года рядом с ней находилось кладбище. Особо в храме помнят старосту Михаила Позднякова, который с 1866 года почти два десятилетия трудился над его обустройством. При нём была заново построена колокольня, отлит новый 300-пудовый колокол, в трапезной настелен чугунный пол, расписаны стены и купол, установлен новый иконостас. После революции храм, как и многие другие по всей России, был закрыт и использовался как машинно-тракторная станция, а затем автотранспортное предприятие.

В 1993 году в храме прошло первое богослужение, началось его восстановление. 30 сентября 2000 года был освящён придел преподобного Сергия, а 13 октября 2001 года, придел Покрова Божией Матери. 26 октября 2007 года благодаря пожертвованиям московского благотворителя А. В. Червякова на колокольне установили колокола общим весом 420 килограммов, и по благословению епископа Владимирского и Суздальского Евлогия Смирнова храму присвоили статус собора. Стараниями другого благотворителя из Северного Кавказа, Е. И. Делюкина, в Никольском приделе появилось позолоченное паникадило весом 650 килограммов, высотой 2,9 метра и диаметром 2,5 метра. Подмосковный благотворитель И. И. Сапрыкин профинансировал изготовление нового позолоченного иконостаса.

Свято-Никольский собор представляет собой типичный храм "корабельного" типа. Это кирпичная церковь с двусветным одноглавым четвериком, скромным декором, широкой трапезной с Сергиевским и Покровским приделами и высокой колокольней в русско-византийском стиле. Несколько лет назад на разрушенный купол колокольни водрузили новый медный купол с крестом, собранный на церковном дворе и мастерски установленный вертолётчиками Киржачского филиала института парашютостроения. Недавно были построены новые кирпичные Святые ворота.