Церковь Никиты за Яузой, известная как Афонское подворье, является подворьем Афонского русского Пантелеймонова монастыря. В XIX веке это место стали называть Швивая горка, чтобы избежать использования слова «вшивая».

Церковь расположена на высоком холме у слияния Москвы-реки и Яузы. До постройки в 1950-х годах высотного Котельнического дома оттуда открывались прекрасные виды на Кремль и Замоскворечье. Существует версия, что именно здесь была основана Москва, но она не подтверждена археологически. Другая легенда гласит, что на Вшивой горке в дохристианские времена находилось языческое святилище, и это место было выбрано для строительства Никитских церквей, поскольку святого Никиту называли Бесогоном.

Ранняя история церкви неясна. Известно, что в 1595 году торговец Савва Емельянов Вагин заложил церковь, но к какой постройке относится эта дата, неясно. Некоторые считают, что в 1591 году перестроили более древнюю церковь XV-XVI веков, другие полагают, что весь храм был построен одновременно. Первое письменное упоминание о церкви датируется 1476 годом, а в 1533 году в нее ударила молния, но храм не загорелся, так как был каменным.

В 1684-1685 годах к церкви пристроили южный Благовещенский придел и колокольню. В середине XVIII века добавили открытую галерею, с которой открывались классические виды на Москву. Церковный участок окружила барочная кованая ограда.

Позже галерею перекрыли и застеклили, изменили завершения храма. В 1878-1880 годах архитектор А.М. Попов добавил с севера Ольгинский придел.

В 1930-е годы церковь закрыли, разрушили ограду, ворота и завершение колокольни. Здание занимала студия Диафильм. Реставрация началась в 1950-е годы по проекту архитектора Л.А. Давида.

В 1991 году церковь вернули верующим, а с 1992 года в ней находится Афонское подворье. В 1996 году подворье построило новую ограду и ворота в стиле XVII века. В башнях освящены две часовни: Пантелеймоновская и Силуана Афонского. На участке реконструированы старые и построены новые здания. Службы проводятся по афонскому уставу, часто ночью.