Никитский храм был основан не позднее конца XV, начала XVI веков. В грамоте великого князя Василия Ивановича от 9 августа 1511 года упоминается Никитская слобода, что позволяет предположить, что церковь, давшая название этому поселению, существовала уже давно. Каменная церковь Никитского прихода была построена в 1640-х годах благодаря подьячему Афанасию Холмову. В 1647 году ее главный престол освятили во имя Михаила Архангела, а придел, во имя великомученика Никиты. В 1781 году отмечалось, что храм не был расписан. В 1920-х годах реставраторы обратили внимание на уникальный иконостас холодной церкви, написанный на гладкой алтарной стене. В 1836 году иконостас обновили, а позднее добавили деревянный. В церкви хранились иконы Богоматери Черниговской Ильинской и Тихвинской, а также напрестольный крест с мощами святых. Судьба иконы Богоматери Черниговской прослежена до 1935 года, когда она была признана музейной ценностью, но затем списана. Теплая церковь Сретения Господня была освящена в 1670 году и расписана в 1806 году мастером Дмитрием Ивановым Сарафанниковым. К концу XIX века храм обветшал и стал мал для прихода. Ярославская археологическая комиссия не разрешила перестройку летней церкви из-за ее архитектурной ценности, но обновление зимнего храма не вызвало возражений. Протоиерей Николай Крылов и староста К.А. Белозеров решили построить новый храм, сохраняя старую церковь. Строительство началось 9 июня 1900 года, и к 1902 году храм был освящен. В 1929 году Никитский приход был ликвидирован, а церковь разобрана. Колокольня XVII века сохранилась благодаря своей геодезической значимости. В 1997 году церковь была возвращена Русской Православной Церкви. Восстановительные работы начались при иерее Андрее Мальцеве и продолжились под руководством протоиерея Игоря Клокова. В 2008 году был освящен крест на новой главе. Восстановление продолжается, и в 2011 году был сделан пол.