Согласно архивным данным, церковь в Верхнелалье возникла, возможно, еще в XVI веке. Первоначально она была деревянной и неоднократно перестраивалась. Современный храм освящен в честь Архистратига Михаила, защитника русского воинства. Приход сформировался не позднее второй половины XVI века, а возможно, даже раньше. Точные сведения о строительстве первой церкви отсутствуют. В "Актах Холмогорской и Устюжской Епархии" она упоминается в 1625 году, когда священник из Верхолали платил налог в размере 40 бел и 6 алтын 4 денги. Это свидетельствует о небольшом приходе, сопоставимом с другими. Через двадцать лет упоминаются уже два здания церкви.

В писцовой книге Сольвычегодского уезда 1645 года говорится: "В Лалской волости на реке Лале погост, церковь Михаила Архангела студеная клетцки и церковь теплая с трапезою Прокофия Устюжского чудотворца, а в церквах образы местные". Переписная книга 1647 года уточняет, что во дворе церкви находились просвирня с жильцами, дома священника, дьяка и пономаря, а также дома двух половников. Кроме того, на церковной земле располагались шесть крестьянских домов. В 1710 году в Лальской волости упоминается Верхлальский приход с теплой церковью Прокопия Чудотворца и великомученика Георгия, а также холодной церковью Троицы Живоначальной и Архангела Михаила. Около церкви находились шесть домов церковного причта, половника, сторожа и просвирня с просвирницей. В окладной книге 1755 года упоминается Архангельская церковь в Верхолальской волости.

В 1788 году в приходе числилось 1125 человек, а в 1868 году, 2189 человек. С 1791 года, по указу Вологодской Духовной Консистории, Верхолальская Михайло-Архангельская церковь была переведена в ведомство Усольское. По штату, утвержденному в 1855 году, в церкви должен был служить один священник с дьяконом и псаломщиком, но позже добавилась должность пономаря. С 1874 года штат включал настоятеля, священника и двух псаломщиков, фактически жалование получали священник, диакон и пономарь.

С августа 1915 года штат церкви состоял из двух священников, диакона, двух псаломщиков и просфорни. Строительство нового здания церкви началось в 1896 году и продолжалось до 1906 года. Основное здание теплой церкви с колокольней было завершено после 1905 года. Позже к нему пристроили летнюю церковь Прокопия Праведного Устюжского, которая в летний период использовалась как алтарь. Строительство было сложным, и даже в 1909 году работы по внутреннему убранству не были завершены.

Церковь строилась на месте старого кладбища, где уже стояла каменная церковь. В описании церквей Сольвычегодского уезда 1854 года упоминается двухэтажная каменная церковь с одной главой. Нижняя часть была освящена в честь Прокопия Устюжского в 1774 году, а верхняя, в честь Архистратига Михаила в 1784 году. Каменная колокольня была построена в 1828 году. До этих церквей на этом месте стояли деревянные церкви. После реконструкции церковь Михаила Архангела стала теплой. Реконструкция была необходима из-за проблем с фундаментом и колокольней. В 1874 году колокольня имела крен и была подперта, а деревянная лестница на второй этаж обветшала. Фундамент церкви ослаб, и было решено построить более просторную и красивую каменную церковь с металлической крышей и высокой колокольней. Звон колоколов 30-метровой колокольни был слышен на расстоянии 30 километров. Строительство велось силами прихожан, которые собирали средства на строительство. Значительный вклад внес купец Николай Токмаков.

Точные суммы, внесенные на строительство, неизвестны, но предполагается, что это были рубли и копейки. Взносы делались по мере необходимости. Документы о финансировании строительства со стороны церковного руководства не обнаружены, вероятно, стройка велась на средства жителей. В журнале "Вологодские Епархиальные Ведомости" от 15 сентября 1896 года упоминается, что крестьянин Николай Токмаков пожертвовал 1000 рублей на расширение храма, а крестьянка Евдокия Гундюхина, 100 рублей. Эти крупные взносы делались в начале строительства. Позже стройка требовала регулярных взносов, и крупные суммы не накапливались. Воспоминания утверждают, что колокол для церкви предоставил Николай Александрович. Он был изготовлен по его заказу в городе Слободском, весил 360 пудов, а язык, 12 пудов. В перевозке участвовало до пятнадцати лошадей. Колокол поднимали в 1897 году при участии всех жителей.

"Епархиальные Ведомости" 1910 года сообщают о пожертвовании Николая Токмакова в размере 900 рублей на устройство иконостаса и 100 рублей на поминовение. Силами прихожан на месте старого кладбища был вырыт котлован под фундамент нового храма. Камни выкладывали по контуру здания и ограды. Кирпич делали из местного материала, глину брали рядом и обжигали в печах. Был построен сарай для изготовления кирпича. В районе кладбища был построен птичий двор, из продукции которого брали белок для раствора.

Кладка шла быстро, но в 1901 году произошел пожар, уничтоживший дом для рабочих, три амбара и другие строения. Ущерб составил около 600 рублей. Здание церкви постепенно поднималось, но мешала старая церковь, которую разобрали. В 1900 году разобрали второй этаж, а материал использовали для строительства школы. В 1903 году школа была введена в эксплуатацию. Здание называлось "Белой школой". В настоящее время оно не используется, внутренние работы не завершены, фундамент разрушен.

Существует мнение, что старую церковь разобрали после постройки новой, но обмеры внутреннего пространства опровергают эту версию. Клировая ведомость 1905 года подтверждает, что старую церковь разобрали из-за ветхости фундамента. Верхний этаж разобрали в 1900 году, а первый этаж, в 1905 году. На строительство школы была пожертвована тысяча рублей. В украшении стен использовалась кирпичная резьба, внутри стены были оштукатурены, использовалось цветное стекло. Внутренними работами занимались местные жители. Иконописцем был Н.Д. Работинский, который также золотил рамы на иконах.